L’Earlham Institute (EI) a renforcé ses capacités de séquençage haute fidélité à lecture longue avec un ensemble jumeau de plates-formes de pointe Pacific Biosciences Sequel IIe pour soutenir les projets Earth BioGenome, fournissant à la communauté bioscientifique britannique des technologies essentielles pour la génomique de la biodiversité .
Alors que le projet Earth BioGenome (EBP) prend de l’ampleur pour séquencer, cataloguer et caractériser les génomes de toute la biodiversité eucaryote sur Terre au cours des dix prochaines années, des efforts mondiaux sont en cours pour déployer la technologie et l’infrastructure capables de fournir rapidement un grand nombre de -des séquences génomiques de qualité.
La plate-forme Sequel IIe permet aux scientifiques de porter l’analyse génomique à un niveau supérieur de précision en produisant des lectures longues haute fidélité (HiFi) pour résoudre les génomes et les transcriptomes.
« Les plates-formes Sequel IIe nous permettent d’étendre notre infrastructure existante dans notre contribution au séquençage du biogénome », a déclaré Karim Gharbi, responsable des pipelines génomiques à l’Earlham Institute. « La demande de la communauté bioscientifique britannique pour des références génomiques de meilleure qualité augmente rapidement, avec des demandes d’accès aux données de séquence HiFi à un niveau record.
Plateformes Sequel IIe à l’Institut Earlham. Crédit : Earlham Institute (EI)
« Les commentaires des premiers utilisateurs de Sequel IIe à travers la communauté génomique ont été extrêmement positifs avec les génomes HiFi, surpassant les ressources existantes d’au moins un ordre de grandeur. La plate-forme supplémentaire doublera immédiatement notre capacité de capacité de séquences génomiques, permettant un accès continu et rentable aux lectures HiFi pour les chercheurs de l’IE et les bio-scientifiques britanniques.
Au cours des dernières années, l’Earlham Institute a réalisé des investissements stratégiques dans les technologies permettant le génome, ouvrant la voie à une nouvelle ère de la biologie où les séquences génomiques de haute qualité et richement annotées ne sont plus l’exception mais de plus en plus la norme.
Le directeur de l’Earlham Institute, le professeur Neil Hall, a ajouté : « Les initiatives du projet Earth BioGenome sont hautement collaboratives, mais la technologie et l’infrastructure capables de produire des génomes de haute qualité à grande échelle doivent être garanties. La capacité HiFi supplémentaire de l’Earlham Institute pour l’analyse des génomes des protistes renforce notre position dans l’initiative mondiale en tant que leader du séquençage du génome.
Ces technologies de séquençage soutiennent plusieurs initiatives nationales et internationales avec l’Institut Earlham comme partenaire de recherche principal – y compris le projet sur les génomes des vertébrés, le projet Darwin Tree of Life (DTOL) et l’atlas européen du génome de référence (ERGA) – fournissant des données et des analyses de séquençage clés pour un large éventail d’organismes, et sous-tendant un programme ambitieux de catalogage de la biodiversité des eucaryotes unicellulaires (protistes).*
« La clé de cet investissement a été l’adoption précoce de la plate-forme de séquençage longue et de haute qualité (HiFi) (Pacific Biosciences Sequel II) en 2019, avant que l’Earlham Institute n’acquière définitivement l’instrument avec le soutien du financement du BBSRC », a ajouté le Dr Gharbi. « Cette technologie a permis aux chercheurs de l’Institut d’obtenir un succès précoce dans la fourniture de références génomiques de haute qualité pour les espèces cibles clés et d’établir l’IE comme un centre de premier plan dans la recherche sur le biogénome. »
Remarques
*Dans le cadre du projet DToL financé par Wellcome, l’Institut Earlham dirige également le développement de nouveaux outils pour construire des génomes de haute qualité à partir d’eucaryotes unicellulaires. Les plates-formes et les pipelines pour les espèces de protistes isolées des populations environnementales sont au cœur de cette technologie afin d’augmenter l’efficacité et de réduire les coûts de préparation des bibliothèques à partir de cellules individuelles.
