La pandémie de COVID-19 a connu l’apparition et le déclin de nombreuses variantes, mais rien de comparable à la BA.5.
Les précédentes sous-variantes de l’omicron ont provoqué des poussées en cascade en se faisant concurrence ; aujourd’hui, BA. 5 est la dernière mutation à se répandre dans le monde. Son succès dans la propagation est dû en partie à ses mutations uniques qui le rendent capable d’échapper à l’immunité des infections et des vaccins précédents. Il s’agit également de la variante la plus transmissible, encore plus que ses prédécesseurs BA.1 et BA.2 qui ont alimenté les poussées de l’été – et qui étaient déjà les virus les plus contagieux jamais connus.
“Nous savons que [BA.5] qu’il est plus transmissible et plus immunodéficitaire”, a déclaré la semaine dernière Rochelle Walensky, directrice des Centers for Disease Control and Prevention (CDC). “Les personnes ayant déjà été infectées, même avec un BA.1 ou un BA.2, sont probablement toujours exposées au risque de BA.4 et BA.5.”
Selon le CDC, le BA.5 représentait près de 65 % des infections à coronavirus aux États-Unis il y a près de deux semaines. Comme Salon l’a précédemment rapporté, et comme les experts l’ont largement commenté, le nombre réel de personnes infectées par le COVID-19 est probablement beaucoup plus élevé que ce que rapporte le CDC en raison de la prévalence des tests antigéniques à domicile, qui peuvent parfois donner de faux négatifs. De même, les personnes qui obtiennent un résultat positif lors d’un test à domicile ne le signalent généralement pas aux organismes de santé publique, ce qui signifie qu’elles peuvent ne pas contribuer au décompte des infections à l’échelle du pays.
La détection d’une variante spécifique et la détection du COVID-19 dans son ensemble sont deux choses différentes ; et même si les tests PCR ne peuvent pas différencier la variante d’un patient, ils restent extrêmement fiables lorsqu’il s’agit de détecter une infection par le SRAS-CoV-2, quelle que soit la variante.
Les tests de laboratoire très précis effectués dans les hôpitaux et les cliniques, connus sous le nom de tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR), enregistrent généralement les résultats et les envoient aux organismes de santé publique. Bien que les tests PCR soient considérés comme extrêmement fiables, des informations erronées ont circulé autour de cette nouvelle variante et de sa relation avec les tests – y compris certaines rumeurs importantes selon lesquelles les tests PCR ne détectent pas la variante BA.5, ou peuvent donner de faux négatifs.
Heureusement, les experts disent à Salon que ce n’est pas le cas.
La confusion peut provenir en partie d’un surnom donné à cette souche. De nombreux médias ont donné à la souche BA.5 le surnom d'”omicron furtif”, en partie parce que, comme son prédécesseur BA.2, elle est devenue plus difficile à identifier. variante sur les tests PCR. Mais la détection d’une variante spécifique et la détection du COVID-19 en général sont deux choses différentes ; et même si les tests PCR ne peuvent pas différencier la variante d’un patient, ils restent extrêmement fiables lorsqu’il s’agit de détecter une infection par le SRAS-CoV-2, quelle que soit la variante. Ainsi, l’appellation “furtif” implique une tendance non pas à se soustraire à un test PCR – le patient sera toujours positif – mais à ne pas révéler précisément de quelle variante il s’agit au test PCR.
“Quand vous regardez un test PCR, il a plusieurs cibles, et quand plusieurs cibles deviennent positives, le test vous dit qu’il s’agit du SRAS-CoV-2”, a expliqué à Salon le Dr Amesh Adalja, chercheur principal au Johns Hopkins Center.
Mais l’une des façons dont les scientifiques pouvaient dire qu’un test PCR détectait, par exemple, le BA.1, était de présenter ce que l’on appelle un “échec de la cible du gène S”.
“Cette cible était toujours négative, donc on savait qu’il s’agissait probablement de BA.1, et quand BA.2 est apparu, il n’y avait pas d’échec de cible du gène S – donc on ne pouvait pas simplement regarder le test PCR et dire ‘oh, c’est BA.2′”.
D’où la nature “furtive” de la variante.
Comme l’explique la FDA, les tests PCR à “cibles multiples” sont “plus susceptibles de continuer à donner de bons résultats lorsque de nouveaux variants apparaissent”. L’agence propose une liste de tests PCR qui fonctionnent en testant des cibles multiples sur son site web.
Comme pour BA.2, BA.5 ne présente pas de défaillance de la cible du gène S, ce qui signifie que les tests PCR qui recherchent des cibles multiples ne seront probablement pas en mesure d’identifier spécifiquement que la variante qu’ils ont est BA.5. Cependant, les tests PCR détecteront toujours si et quand un patient est infecté par le SRAS-CoV-2.
Tout cela pour dire que les tests PCR risquent toujours d’être moins efficaces et moins précis au fur et à mesure de l’apparition de nouvelles variantes.
“Si une nouvelle variante apparaît, vous courez le risque de perdre cette amorce et votre test ne détectera plus rien”, a déclaré M. Hafer, ajoutant que cette situation n’est pas propre à omicron. “Cela a été une préoccupation tout au long de la pandémie”.
“Chaque entreprise ou laboratoire qui effectue un test PCR devrait vraiment faire attention, lorsqu’il conçoit ses amorces, à ce qu’elles soient faites dans une séquence du virus qui peut êtreNathaniel Hafer, professeur adjoint en médecine moléculaire à la Chan Medical School de l’Université du Massachusetts, a déclaré à Salon : “S’ils constatent un risque d’incompatibilité, ils doivent le savoir et éventuellement revoir leurs amorces. “Et s’ils voient le potentiel de ces mésappariements, ils doivent le savoir et potentiellement reconcevoir leurs amorces parce que ces abandons du gène S se produiront lorsque l’amorce ne sera plus complémentaire de la séquence virale à cause des mutations.”
Hafer a déclaré que c’est pourquoi les tests PCR recherchent différentes cibles plutôt qu’une seule.
“S’il y a une nouvelle variante qui émerge, vous courez le risque de perdre cette amorce et alors votre test ne détecte plus rien”, a déclaré Hafer, ajoutant que ce n’est pas une situation unique à omicron. “C’est un problème qui s’est posé tout au long de la pandémie”, a-t-il noté.
En janvier 2021, la FDA a averti que certains tests moléculaires autorisés risquaient d’être affectés négativement par de futures variantes.
“La présence de variants génétiques du SRAS-CoV-2 dans un échantillon de patient peut potentiellement modifier les performances d’un test de dépistage du SRAS-CoV-2”, a averti la FDA dans un communiqué. “Les tests qui reposent sur la détection de plusieurs régions du génome peuvent être moins impactés par la variation génétique du génome du SRAS-CoV-2 que les tests qui reposent sur la détection d’une seule région.”
Et bien que cela ne soit pas encore le cas, Hafer a déclaré qu’à l’avenir, certaines entreprises pourraient constater que leurs tests ne détectent pas les futures variantes.
“C’est l’évolution darwinienne en action, donc c’est juste un mauvais coup et cela finira par arriver si nous attendons tous assez longtemps”, a déclaré Hafer. “Les entreprises doivent surveiller cela afin de pouvoir réagir rapidement si elles voient que quelque chose a changé, et cela ne concerne pas seulement les maladies infectieuses – toute personne qui fait de la biologie moléculaire en laboratoire aura une histoire d’horreur.”
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