Les océans de la Terre sont souvent appelés la dernière frontière, un clin d’œil au fait que les profondeurs des mers sont inexplorées. En effet, on estime que 91 % de toute la vie océanique reste à découvrir. Pourtant, au-delà d’abriter une simple vie animale et végétale, l’océan est aussi, curieusement, un réservoir de virus. Des milliers et des milliers d’entre eux.
Comme le détaille une récente étude parue dans la revue universitaire Science, une équipe internationale de chercheurs a prélevé et analysé des dizaines de milliers d’échantillons d’eau de mer provenant de toute la planète, découvrant des milliers de virus à ARN jusqu’alors inconnus. Avec les virus à ADN, les virus à ARN constituent l’une des deux classes de virus dont fait partie le virus SARS-CoV-2 qui cause le COVID-19. Les scientifiques en savent beaucoup moins sur les virus à ARN (qui utilisent des molécules d’ARN pour leur matériel génétique) que sur les virus à ADN (qui, par conséquent, utilisent de l’ADN pour leur matériel génétique). C’est pourquoi un groupe de chercheurs dirigé par le microbiologiste Matthew Sullivan de l’Université d’État de l’Ohio a décidé d’en ramasser autant que possible dans l’océan.
Par la suite, les chercheurs ont découvert au moins 5 000 espèces de virus à ARN que les scientifiques ne connaissaient pas auparavant. En fait, il y a tellement de nouveaux virus que les scientifiques ne se contentent pas de créer de nouveaux noms pour les espèces individuelles ; ils envisagent de doubler le nombre de phyla (une classification qui n’est qu’un raccourci de “royaume”), qui passe de cinq à dix. Pour que cela se produise officiellement, les scientifiques doivent proposer une demande d’officialisation par le Comité international de taxonomie des virus (ICTV), qu’ils préparent déjà. En outre, ils espèrent proposer la création d’au moins 11 nouvelles classes de virus à ARN.
“Il y a tellement de nouvelle diversité ici – et un phylum entier, le Taraviricotaont été trouvés dans tous les océans, ce qui suggère qu’ils sont écologiquement importants”, a expliqué Sullivan dans une déclaration. Le terme Taraviricota fait référence au phylum que les scientifiques souhaitent créer pour leur collection la plus abondante d’espèces nouvellement découvertes.
Sullivan a ajouté : “Les virus à ARN sont manifestement importants dans notre monde, mais nous n’en étudions généralement qu’une infime partie – les quelques centaines qui nuisent aux humains, aux plantes et aux animaux. Nous voulions les étudier systématiquement à une très grande échelle et explorer un environnement que personne n’avait examiné en profondeur, et nous avons eu de la chance car pratiquement chaque espèce était nouvelle, et beaucoup l’étaient vraiment.”
Dans l’étude, les scientifiques soulignent que leur découverte ne se limite pas à augmenter la quantité de virus à ARN connus.
“Il ne s’agit pas seulement d’un jeu de chiffres”, écrivent les scientifiques. “Les auteurs ont également trouvé un chaînon manquant dans l’évolution des virus à ARN”. [the aforementioned Taraviricota] et ont découvert de nouveaux phyla qui dominent dans les océans et pourraient infecter les mitochondries.” Ils ont également découvert un phylum qu’ils ont baptisé Arctiviricota, qu’ils décrivent comme “répandu et dominant dans les océans”. Ces efforts fournissent des connaissances fondamentales essentielles à l’intégration des virus à ARN dans les modèles écologiques et épidémiologiques. ”
Bien que les virus soient souvent considérés comme intrinsèquement sinistres, leur rôle dans la nature est en fait beaucoup plus complexe. Littéralement parlant, un virus n’est rien d’autre qu’une enveloppe protéique entourant du matériel génétique comme l’ADN ou l’ARN. Ils ne sont capables de se répliquer qu’à l’intérieur de cellules vivantes, où ils détournent le matériel génétique de l’hôte pour qu’il crée davantage de copies du virus. Pour ce faire, ils ajoutent au besoin leurs propres séquences génétiques au matériel génétique d’origine, un peu à la manière d’un cambrioleur qui laisse sur la scène du crime les outils nécessaires au vol. Ce que l’on appelle l'”ADN poubelle” est connu sous le nom d’éléments viraux endogènes (EVE) et représente environ 8 % du génome humain. On pense même que la plupart de cet ADN poubelle a des fonctions biologiques, bien que les scientifiques ne sachent pas encore exactement lesquelles.
En effet, le corps humain abrite 380 trillions de virus, soit plus de 12 fois plus qu’il n’y a de cellules dans tout notre être. Cet écosystème de virus est connu sous le nom de “virome” et, comme pour tout ce qui touche à la virologie, on en sait très peu sur le rôle exact qu’ils jouent dans la santé humaine. On pense que, tout comme il existe dans l’organisme des bactéries bénignes qui s’attaquent aux agents pathogènes (ou micro-organismes pouvant nuire à l’homme), il existe probablement des virus qui jouent le même rôle. Il est certain que la plupart d’entre eux sont bénins car, sinon, nous serions tous morts.
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