Deux mois avant le Super Bowl, la vague d’omicron décimait les listes de la NFL, les joueurs étant testés positifs au covid-19. À la mi-décembre, la NFL a reporté un match entre les Los Angeles Rams et les Seattle Seahawks parce que les Rams, qui allaient remporter le Super Bowl, comptaient 29 joueurs séropositifs au covid.
Le nombre d’employés de la NFL testés positifs par semaine en décembre est passé d’environ 30 à environ 300, la plupart étant des joueurs qui devaient s’abstenir de participer aux entraînements et aux matchs. La nouvelle variante “nous a frappés comme une tonne de briques”, a déclaré le Dr Allen Sills, médecin en chef de la NFL.
Le Dr Thom Mayer, directeur médical de l’Association des joueurs de la NFL, a déclaré que cette perturbation a mis en évidence une grande question : Si un joueur était vacciné et se remettait du covidium mais était quand même testé positif, y avait-il des conditions qui pouvaient rendre “raisonnable de les renvoyer” ? [to the field] et sûr de le faire” ?
La NFL et l’association des joueurs ont déterminé qu’il y en avait. La même semaine où la NFL a reporté le match Rams-Seahawks, la ligue a apporté un changement petit mais significatif à ses règles permettant aux joueurs de revenir après un test positif au covid, un changement qui repose sur une mesure obscure appelée seuil de cycle ou valeur Ct.
La valeur Ct indique le degré de difficulté du test à détecter le virus et, par conséquent, la quantité de virus présente dans l’échantillon prélevé sur une personne. Maintenant, les joueurs pourraient revenir soit en respectant la norme précédente de deux tests PCR négatifs, soit avec deux résultats PCR que Mayer a décrits comme “faiblement positifs” – avec un seuil de cycle de 35 ou plus. Ils pouvaient également combiner les deux options.
Ce changement a essentiellement redéfini ce qui était considéré comme négatif afin de permettre aux joueurs de reprendre le jeu plus rapidement. Ce faisant, la NFL s’est immiscée dans une zone grise du dépistage du covid qui a été débattue par les professionnels de la santé publique pendant toute la pandémie : comment déterminer quand une personne n’est plus infectieuse par le covid.
La question fondamentale est qu’il n’y a pas de bon moyen de savoir si une personne est infectieuse. Les tests antigéniques, que l’on peut effectuer chez soi et dont les résultats sont enregistrés en quelques minutes, sont trop “froids” et risquent de ne pas détecter les personnes qui sont dans les premiers jours de leur infection. Les tests PCR sont trop “chauds”, si sensibles qu’ils peuvent continuer à enregistrer une personne comme positive après la disparition de l’infection.
Mais les tests PCR sont souvent accompagnés de plus d’informations que les simples mentions “positif” ou “négatif” : Ils peuvent également indiquer combien de fois la machine a dû copier le matériel génétique du virus dans l’échantillon avant d’obtenir un résultat suffisant pour être visible. Un plus grand nombre de cycles signifie généralement que l’échantillon ne contenait pas beaucoup de virus ; un nombre inférieur de cycles signifie que l’échantillon contenait suffisamment de virus pour être facile à détecter.
En définissant un seuil de valeur Ct pour les tests PCR, ce que certains chercheurs soutiennent, la NFL a essentiellement cherché un terrain d’entente en refroidissant le test trop chaud. La logique veut qu’une valeur Ct plus élevée signifie que moins de virus est présent dans l’échantillon, et qu’il y a donc moins de chances que la personne qui l’a fourni puisse infecter une autre personne.
“Nous sommes à la recherche du point idéal”, a déclaré M. Sills. “Nous ne voulons pas renvoyer trop tôt quelqu’un qui est infectieux. Nous ne voulons pas non plus garder quelqu’un hors d’un environnement alors qu’il n’est pas malade et n’est plus infectieux.”
Sills a récemment cosigné un article des Centers for Disease Control and Prevention qui portait sur les employés de la NFL testés positifs au covid pendant la même semaine à la mi-décembre. Il a montré que parmi les 173 employés de la NFL testés fréquemment et entièrement vaccinés, environ 70 % ont pu reprendre le travail avant la fin des 10 jours d’isolement, selon les nouveaux protocoles de test.
Le problème est que l’utilisation des valeurs Ct pour déterminer l’infectiosité n’est pas encore validée par la FDA – les tests PCR ont reçu une autorisation d’utilisation d’urgence dans le seul but de déterminer si une personne est “positive” ou “négative”, et non pour déterminer le degré de positivité.
Le CDC a déclaré qu'”une valeur Ct élevée peut facilement résulter de facteurs non liés à la quantité de virus dans l’échantillon” et que les valeurs Ct “ne doivent pas être utilisées pour déterminer la charge virale d’un individu, son degré d’infectiosité ou le moment où il peut sortir de l’isolement”.
La NFL était prête à aller dans ce sens parce que ses employés étaient en grande majorité vaccinés, que ses cas de covidie étaient pour la plupart bénins et que les données internes des variantes précédentes suggéraient que les personnes ayant des valeurs Ct élevées n’étaient pas capables de propager le virus, a déclaré Sills. Et, comme l’a souligné Mayer, “si les parties ne sont pas jouées, les joueurs ne sont pas payés”.
Certains chercheurs fixent la limite à une valeur de Ct de 30, en supposant que toutes les personnes ayant une valeur de Ct élevée sont capables de propager le virus.Un résultat de test inférieur à ce chiffre est probablement infectieux et tous ceux qui le dépassent ne le sont probablement pas. Mais d’autres chercheurs ont pu cultiver des virus vivants chez des personnes présentant des valeurs Ct élevées, ce qui est considéré comme une preuve que ces personnes étaient infectieuses. Au cours des deux dernières années, les professionnels de la médecine de laboratoire ont mis en garde contre l’utilisation des valeurs Ct pour prendre des décisions concernant les soins individuels, y compris pour déterminer qui est infectieux.
“Stephen Master, président de l’American Association for Clinical Chemistry, qui a publié une déclaration au cours de l’été indiquant que les valeurs Ct ne devraient pas être utilisées et qui a publié en décembre un article de blog intitulé “How to Say No to Reporting Ct Values”.
Master a déclaré qu’il faut beaucoup de travail pour s’assurer que de tels résultats correspondent à une sorte de norme utilisable et que le fait qu’il n’en existe pas est “un problème sous-estimé”, même parmi les meilleurs médecins. “À moins d’avoir la méthode de référence et la norme de référence, il est difficile de savoir ce qui est réel”.
Des scientifiques travaillant à l’élaboration d’une norme de référence ont envoyé les mêmes échantillons de virus à plus de 300 laboratoires et ont constaté que ce qui ressemblait à une valeur Ct de 17 dans un laboratoire était une valeur Ct de 27 dans un autre.
Pour conclure qu’aucune personne dont le test avait une valeur Ct de 35 ou plus ne pouvait transmettre le virus, Sills de la NFL s’est appuyé sur les données des 32 équipes de la ligue. Et la NFL a contourné un obstacle de variabilité en exigeant que tous les tests PCR soient effectués sur le même équipement de laboratoire – l’analyseur cobas de Roche – et par certains laboratoires.
Même dans ce cas, a déclaré Jim Huggett, un biologiste moléculaire de l’Université du Surrey au Royaume-Uni qui a étudié la variabilité des valeurs de Ct dans les laboratoires au niveau international, deux laboratoires utilisant le même équipement pouvaient obtenir des résultats différents, ce qui signifie que la même personne le même jour pouvait obtenir des valeurs de Ct différentes. Comme l’a souligné l’American Association for Clinical Chemistry, même les laboratoires les plus précis ne peuvent pas contrôler les facteurs extérieurs, comme le fait que la personne se soit mouchée avant de se faire écouvillonner ou le temps que l’échantillon a passé avant d’être analysé – deux facteurs qui peuvent affecter les valeurs de Ct.
Le Dr Rosemary She, pathologiste à la Keck School of Medicine de l’Université de Californie du Sud et directrice du service de microbiologie du Keck Medical Center, a déclaré qu’une valeur Ct élevée peut parfois ne correspondre qu’à un mauvais écouvillonnage.
En 2020, elle a été co-auteur d’une lettre, alors qu’elle représentait le Collège des pathologistes américains, qui mettait en garde contre l’utilisation des valeurs de Ct pour déterminer ce qui pouvait se passer dans le corps d’une personne. Parmi les patients hospitalisés qu’elle examine, une valeur de Ct aussi élevée que 40 peut signifier soit “la fin d’une infection”, soit simplement “un mauvais échantillonnage”, dit-elle.
Le Dr Robby Sikka, président du groupe de travail COVID Sports et Société – qui conseille les entreprises technologiques, les ligues sportives et Broadway sur leurs réponses au covid – est plus optimiste quant à l’utilité des valeurs Ct. Selon lui, les données provenant des milieux sportifs et des entreprises sont très prometteuses. Par exemple, sa petite étude préliminaire portant sur 37 personnes dans un lieu de travail hautement vacciné a montré que les personnes qui revenaient après au moins cinq jours d’isolement, suivis de deux tests PCR avec des valeurs Ct de 30 ou plus, ne transmettaient pas le virus à leurs collègues.
Au niveau communautaire, James Hay, épidémiologiste spécialisé dans les maladies infectieuses à la Harvard T.H. Chan School of Public Health, a publié une étude dans la revue Science qui montre que seulement 30 tests PCR positifs fournissent suffisamment d’informations, lorsque les valeurs Ct sont prises en compte, pour montrer si une épidémie est en expansion ou en déclin.
Les chercheurs de Afrique du Sud et le Royaume-Uni. Les scientifiques de Hong Kong affirment que les valeurs Ct constituent un moyen plus rapide de savoir ce qui se passe que le dénombrement des cas – et potentiellement plus rapide que le suivi du coronavirus dans les communautés par le biais d’échantillons d’eaux usées.
