Un animal mignon ressemblant à un chien est devenu le principal coupable de la première transmission du virus COVID à l’homme, grâce à des preuves génétiques récemment révélées du marché de gros des fruits de mer de Huanan à Wuhan, en Chine. Sur la base de ces nouveaux faits, les chiens viverrins communs, une espèce qui ressemble à un hybride renard-raton laveur, pourraient être le “patient zéro” qui a déclenché la catastrophe mondiale de santé publique que nous subissons encore.
Un rapport exclusif de Katherine Wu à The Atlantic présente les preuves les plus solides à ce jour que le SRAS-CoV-2, le virus à l’origine de la brutale pandémie qui entre maintenant dans sa quatrième année, est apparu pour la première fois chez les animaux avant de se propager aux humains. Les preuves génétiques repoussent le récit selon lequel l’agent pathogène a été accidentellement ou intentionnellement divulgué de l’Institut de virologie de Wuhan.
Le débat sur les origines de COVID a divisé les gens à travers le spectre scientifique et politique, mais les preuves directes ont été difficiles à trouver. Pourtant, ces dernières preuves pourraient être les meilleures données que nous ayons jamais obtenues.
Une nouvelle analyse d’écouvillons prélevés sur des étals de marché dans et autour du point zéro présumé de la pandémie en janvier 2020 a révélé un mélange de matériel génétique du SRAS-CoV-2, mais comprenait également celui de chiens viverrins communs (Nyctereutes procyonoïdes). Ce sont de petits canidés sauvages (une famille de mammifères comprenant des renards, des loups et des chiens) trouvés en Asie de l’Est, y compris en Chine et connus depuis longtemps pour héberger des coronavirus.
En fait, une étude publiée en février dernier dans la revue Cell, qui a identifié 65 espèces de virus précédemment non décrites chez le gibier chinois, a rapporté que certains chiens viverrins hébergeaient des coronavirus présentant une similitude de 85 à 94 % avec les coronavirus humains détectés en Haïti et en Malaisie. Les coronavirus sont une vaste catégorie de virus qui ont tous une forme similaire : une boule avec des pointes ressemblant à une couronne.
Il n’était pas clair au départ que des chiens viverrins se trouvaient même sur le marché de Wuhan jusqu’à ce que des preuves ultérieures apparaissent en 2020 révélant que les animaux étaient illégalement gardés sur le marché.
Alors que la plupart des coronavirus n’ont aucun effet ou provoquent de simples rhumes, certains comme le MERS, le SRAS et le SRAS-CoV-2 peuvent être mortels. Nous savons que de nombreux mammifères sont naturellement porteurs de ces agents pathogènes et qu’ils se propagent parfois aux humains, d’autant plus que nous détruisons davantage leur environnement, sans parler du braconnage et de la consommation d’animaux sauvages. Si un animal infecté par un coronavirus entre en contact étroit avec des humains, la plupart des coronavirus n’hésitent pas à se déplacer vers un nouvel hôte humain.
Les chiens viverrins ont été impliqués dans la première épidémie de SRAS-CoV-1 (connu à l’époque simplement sous le nom de SRAS) il y a environ deux décennies, car il a été découvert que les chiens viverrins sauvages le portaient naturellement. Bien que ce soit une preuve assez claire, les virologues ne sont toujours pas sûrs à 100 % d’avoir causé cette pandémie, qui a culminé en 2003. Il n’est pas facile de prouver définitivement qu’un animal a permis à un virus de se propager aux humains. Nous ne savons toujours pas d’où vient Ebola, bien que les chauves-souris soient généralement supposées en être l’origine.
Il n’était pas clair au départ que les chiens viverrins se trouvaient même sur le marché humide de Wuhan jusqu’à ce que des preuves ultérieures apparaissent en 2020 révélant que les animaux étaient illégalement gardés sur le marché. Encore une fois, ce n’est pas une preuve à 100% que les chiens viverrins ont déclenché la pandémie, mais l’association de ces deux signatures génétiques est une preuve assez solide, peut-être la plus solide que nous obtiendrons jamais.
Selon Wu, la nouvelle analyse fournit “des preuves claires que les chiens viverrins et le virus se trouvaient exactement au même endroit sur le marché, suffisamment proches pour que les créatures aient pu être infectées et, éventuellement, contagieuses”.
Pour arriver à cette conclusion, Florence Débarre, biologiste de l’évolution au CNRS, parcourait une base de données génomique en libre accès appelée GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) lorsqu’elle a remarqué plusieurs séquences. Ils avaient été discrètement publiés par des chercheurs du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies il y a plusieurs semaines.
Lorsque Débarre a téléchargé les données vers le 9 mars, les a transmises à des collègues et les a analysées, ils ont trouvé des traces de SARS-CoV-2, comme prévu. Cela était déjà connu par le même groupe de chercheurs chinois qui l’ont téléchargé en premier lieu. L’année dernière, ils ont publié une préimpression analysant les données (mais pas les données elles-mêmes) indiquant qu’il s’agissait de “preuves convaincantes” que le SRAS-CoV-2 était présent sur le marché au cours des premiers stades de l’épidémie de COVID. Mais ils ont également affirmé qu'”aucun animal hôte du SRAS-CoV-2 ne peut être déduit”.
Cette nouvelle analyse n’est pas susceptible d’influencer l’un des croyants inconditionnels qu’une fuite de laboratoire explique à elle seule les origines du SRAS-CoV-2. Mais à ce jour, il n’y a toujours aucune preuve tangible que cela en soit la source.
En y regardant de plus près, plusieurs chercheurs éminents qui ont retracé les origines du SRAS-CoV-2 ont remarqué de nombreuses preuves contredisant cette affirmation. Le 20 mars, ils ont publié un rapport complet en ligne, qui, selon eux, souligne le “large corpus de preuves soutenant une origine naturelle du SRAS-CoV-2”. Il y avait beaucoup d’ADN animal, et une grande partie appartenait à des chiens viverrins communs. Lorsqu’ils ont contacté les chercheurs chinois, les données ont été mystérieusement supprimées du GISAID. À ce stade, on ne sait pas pourquoi ces données ont été publiées, et encore moins supprimées, bien que Science ait noté que c’était à la “demande de l’auteur”.
George Gao, l’ancien directeur général du CDC chinois, a également déclaré à Science et Reuters que ces données n’étaient “rien de nouveau”. Cependant, cette nouvelle preuve fait clairement des vagues. Le directeur général de l’Organisation mondiale de la santé, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a déclaré vendredi 17 mars : “Ces données auraient pu – et auraient dû – être partagées il y a trois ans”, mais il a également noté que “ces données ne fournissent pas de réponse définitive à la question de la façon dont la pandémie a commencé.”
Cette nouvelle analyse n’est pas susceptible d’influencer l’un des croyants inconditionnels qu’une fuite de laboratoire explique à elle seule les origines du SRAS-CoV-2. Mais à ce jour, il n’y a toujours aucune preuve tangible que cela en soit la source. Même la poignée d’agences de renseignement américaines (et non la majorité) qui affirment qu’une fuite de laboratoire est plausible font leurs affirmations avec une “faible confiance” et aucune preuve tangible.
Les arguments des deux côtés de cette question ont persisté depuis que l’épidémie s’est produite pour la première fois, et les scientifiques se disputeront probablement à ce sujet pendant de nombreuses années à venir. Ce que cette nouvelle analyse pourrait réellement aider, c’est d’encourager un partage plus transparent des données et de galvaniser les chercheurs pour étudier les chiens viverrins sauvages, les chauves-souris et d’autres hôtes animaux potentiels qui pourraient conduire à la prochaine pandémie.
