Preuve de la propagation zoonotique : La super-bactérie C. difficile peut passer du porc à l’homme

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Cochon noir

Une étude danoise révèle que la superbactérie C. difficile peut passer du porc à l’homme, ce qui prouve la propagation zoonotique.

Une étude portant sur des échantillons de la superbactérie Clostridioides difficile dans 14 élevages de porcs au Danemark. gènes de résistance aux antibiotiques multiples entre les porcs et les patients humains., ce qui prouve que que la transmission de l’animal à l’homme (zoonotique) est possible.

L’étude, menée par le Dr Semeh Bejaoui et ses collègues de l’Université de Copenhague et du Statens Serum Institut au Danemark, sera présentée cette année au Congrès européen de microbiologie clinique et des maladies infectieuses (ECCMID) à Lisbonne, au Portugal (23-26 avril 2022).

“Notre découverte de gènes de résistance multiples et partagés indique que C. difficile est un réservoir de gènes de résistance aux antimicrobiens qui peuvent être échangés entre les animaux et les humains”, déclare le Dr Bejaoui. “Cette découverte alarmante suggère que la résistance aux antibiotiques peut se propager plus largement qu’on ne le pensait auparavant, et confirme les liens de la chaîne de résistance allant des animaux d’élevage aux humains.”

C. difficile est une bactérie qui infecte l’intestin humain et qui est résistante à tous les antibiotiques actuels, sauf trois. Certaines souches possèdent des gènes leur permettant de produire des toxines qui peuvent provoquer une inflammation dommageable dans l’intestin, entraînant une diarrhée potentiellement mortelle, principalement chez les personnes âgées et les patients hospitalisés qui ont été traités aux antibiotiques.

Le C. difficile est considéré comme l’une des menaces les plus sérieuses de résistance aux antibiotiques aux États-Unis. Il a causé environ 223 900 infections et 12 800 décès en 2017, pour un coût de santé de plus d’un milliard de dollars.[1]

Une souche hypervirulente de C. difficile (ribotype 078 ; RT078) qui peut provoquer des maladies plus graves et sa séquence principale de type 11 (ST11), est associée à un nombre croissant d’infections dans la communauté chez des individus jeunes et en bonne santé. Les animaux d’élevage ont récemment été identifiés comme des réservoirs de RT078.

Dans cette étude, des scientifiques danois ont examiné la prévalence des souches de C. difficile dans le bétail (porcs) et le potentiel de propagation zoonotique des gènes de résistance aux antimicrobiens en les comparant aux isolats cliniques de patients danois hospitalisés.

Des échantillons de selles ont été prélevés sur 514 porcs en deux lots dans des fermes du Danemark entre 2020 et 2021. Le lot A comprenait 330 échantillons provenant de truies, de porcelets et de porcs d’abattage de quatorze fermes en 2020. Les 184 échantillons du lot B ont été collectés lors de l’abattage en 2021.

Les échantillons ont été examinés pour détecter la présence de C. difficile et le séquençage génétique a été utilisé pour déterminer s’ils contenaient des gènes de résistance aux toxines et aux médicaments. Le séquençage du génome a également été utilisé pour comparer les isolats de C. difficile provenant des échantillons de porcs aux 934 isolats recueillis auprès de patients atteints d’une infection à C. difficile au cours de la même période.

Sur les 514 échantillons de porcs, 54 présentaient des signes de C. difficile (lot A= 44, lot B=9). D’autres analyses de 40 échantillons (lot A=33, lot B=7) ont révélé que le C. difficile était plus fréquent chez les porcelets et les truies que chez les porcs d’abattage. Les auteurs supposent que cela peut être dû à la différence d’âge entre les porcelets et les porcs adultes – les porcs plus jeunes ayant une composition du microbiote qui les rend plus susceptibles d’être colonisés avec succès.

Au total, treize types de séquences trouvés chez les animaux correspondaient à ceux trouvés dans les échantillons de selles des patients. ST11, une souche associée aux animaux, était la plus fréquente (porc=21, humain=270). Dans seize cas, les souches ST11 chez l’homme et l’animal étaient identiques (voir tableau 1 et figure 1 dans les notes aux rédacteurs).

Tous les isolats animaux étaient positifs pour les gènes de la toxine et dix d’entre eux étaient également hypervirulents, avec une capacité encore plus grande à provoquer des maladies.

Au total, 38 isolats provenant des animaux contenaient au moins un gène de résistance – et dans l’ensemble, la résistance était prévue pour sept classes d’antibiotiques, dont les plus courantes étaient les macrolides, les ß-lactames, les aminoglycosides et la vancomycine – qui sont importants pour le traitement des infections bactériennes graves.

“L’utilisation excessive d’antibiotiques en médecine humaine et comme outils de production bon marché dans les fermes mine notre capacité à soigner les infections bactériennes”, déclare le Dr Bejaoui. “L’important réservoir de gènes conférant une résistance aux aminoglycosides, une classe d’antibiotiques à laquelle C. difficile est intrinsèquement résistant – ils ne sont pas nécessaires à la résistance de cette espèce, est particulièrement préoccupant. Le C. difficile joue donc un rôle dans la propagation de ces gènes.gènes à d’autres espèces sensibles”

Elle poursuit : “Cette étude fournit davantage de preuves sur la pression évolutive liée à l’utilisation d’antimicrobiens dans l’élevage, qui sélectionne des agents pathogènes humains dangereusement résistants. Cela souligne l’importance d’adopter une approche plus globale, pour la gestion de l’infection à C. difficile, afin d’envisager toutes les voies possibles de dissémination.”

Malgré ces résultats importants, les auteurs notent plusieurs limites, notamment le fait qu’ils n’ont pas été en mesure de déterminer la direction de la transmission. Comme l’explique le Dr Bejaoui, “Le fait que certaines des souches des isolats humains et animaux étaient identiques suggère qu’elles pourraient être partagées entre les groupes, mais tant que nous n’aurons pas effectué des analyses phylogénétiques plus approfondies, nous ne pourrons pas déterminer le sens de la transmission, qui pourrait également être bidirectionnelle, la bactérie étant continuellement échangée et étendue dans la communauté et les fermes.”

Notes

  1. Clostridioides Difficile (cdc.gov)

Réunion : Le Congrès européen de microbiologie clinique et des maladies infectieuses (ECCMID 2022)

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