Les chercheurs ont découvert que plus de 80 % des cerfs de Virginie échantillonnés dans différentes parties de l’Iowa entre décembre 2020 et janvier 2021 étaient positifs pour le SRAS-CoV-2.
Plus de 80% des cerfs de Virginie échantillonnés dans différentes parties de l’Iowa entre décembre 2020 et janvier 2021 ont été testés positifs pour SRAS-CoV-2. Le pourcentage de cerfs positifs au SRAS-CoV-2 a augmenté tout au long de l’étude, avec 33% de tous les cerfs testés positifs. Les résultats suggèrent que le cerf de Virginie peut être un réservoir pour la circulation continue du virus et soulèvent des inquiétudes quant à l’émergence de nouvelles souches qui pourraient constituer une menace pour la faune et, éventuellement, pour les humains.
“Il s’agit de la première preuve directe du virus du SRAS-CoV-2 chez une espèce vivant en liberté, et nos découvertes ont des implications importantes pour l’écologie et la persistance à long terme du virus”, a déclaré Suresh Kuchipudi, chaire Huck des maladies infectieuses émergentes. , professeur clinicien de sciences vétérinaires et biomédicales et directeur associé du Animal Diagnostic Laboratory, Penn State. « Ceux-ci incluent les retombées sur d’autres animaux vivant en liberté ou en captivité et les retombées potentielles sur les hôtes humains. Bien sûr, cela met en évidence que de nombreuses mesures urgentes sont nécessaires pour surveiller la propagation du virus chez les cerfs et empêcher les retours aux humains. »
Selon Vivek Kapur, Huck Distinguished Chair in Global Health et professeur de microbiologie et de maladies infectieuses, Penn State, bien qu’aucune preuve n’existe que le SRAS-CoV-2 puisse être transmis du cerf à l’homme, il pense que les chasseurs et ceux qui vivent à proximité de les cerfs peuvent vouloir prendre des précautions, y compris lors du contact ou de la manipulation des animaux, en portant un équipement de protection individuelle approprié et en se faisant vacciner contre COVID-19[feminine“, a déclaré Kapur.
Recherche précédente par l’USDA a montré que 40 % des cerfs de Virginie avaient des anticorps contre le coronavirus ; Cependant, Kuchipudi et ses collègues notent que ces anticorps n’indiquaient qu’une exposition indirecte au SRAS-CoV-2 ou à un organisme immunologiquement apparenté et n’ont pas prouvé l’infection par le SRAS-CoV-2 ou la capacité de transmettre le virus.
Dans cette nouvelle étude – qui a été publiée sur le serveur de pré-impression bioRxiv le 1er novembre et sera soumise à une revue à comité de lecture – l’équipe a examiné près de 300 échantillons prélevés sur des cerfs à travers l’État de l’Iowa pendant le pic de COVID-19 humain infection en 2020. Les échantillons – extraits de ganglions lymphatiques rétropharyngés de cerf, situés dans la tête et le cou – avaient été collectés par le département des ressources naturelles de l’Iowa dans le cadre de son programme de surveillance de routine de la maladie débilitante chronique à l’échelle de l’État. L’équipe a testé les échantillons pour le virus SARS-CoV-2 ARN à l’aide d’un test de transcription inverse en chaîne par polymérase (RT-PCR) en temps réel, qui fournit une preuve directe de l’infection par le virus.
“Nous avons constaté que 80% des cerfs échantillonnés en décembre étaient positifs pour le SRAS-CoV-2, ce qui représente proportionnellement un fardeau de positivité environ 50 fois plus élevé que ce qui a été signalé au pic de l’infection chez l’homme à l’époque”, a déclaré Kuchipudi. “Le nombre de cerfs positifs au SRAS-CoV-2 a augmenté au cours de la période d’avril à décembre 2020, les augmentations les plus importantes coïncidant avec le pic de la saison de chasse au cerf l’année dernière.”
L’équipe a également séquencé les génomes complets de tous les échantillons positifs du cerf et identifié 12 lignées SARS-CoV-2, B.1.2 et B.1.311 représentant environ 75 % de tous les échantillons.
“Les lignées virales que nous avons identifiées correspondent aux mêmes lignées circulant chez l’homme à cette époque”, a déclaré Kapur. « Le fait que nous ayons trouvé plusieurs lignées différentes du SRAS-CoV-2 circulant au sein de troupeaux géographiquement confinés à travers l’État suggère l’occurrence de plusieurs événements de débordement indépendants de l’homme au cerf, suivis d’une transmission locale de cerf à cerf. Cela soulève également la possibilité d’un retour des cerfs aux humains, en particulier dans les zones exurbaines à forte densité de cerfs. »
Kuchipudi a ajouté : « La recherche met en évidence le besoin crucial de mettre en œuvre de toute urgence des programmes de surveillance pour surveiller la propagation du SRAS-CoV-2 au sein des cerfs et d’autres espèces sauvages sensibles et de mettre en place des méthodes pour atténuer les retours potentiels. »
Référence : « Retombées multiples et transmission ultérieure du SRAS-Cov-2 chez le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) vivant en liberté et en captivité » par Suresh V. Kuchipudi, Meera Surendran-Nair, Rachel M. Ruden, Michelle Yon, Ruth H Nissly, Rahul K. Nelli, Lingling Li, Bhushan M. Jayarao, Kurt J. Vandegrift, Costas D. Maranas, Nicole Levine, Katriina Willgert, Andrew JK Conlan, Randall J. Olsen, James J. Davis, James M. Musser , Peter J. Hudson et Vivek Kapur, 1er novembre 2021, bioRxiv.
DOI : 10.1101/2021.10.31.46 66677
Les instituts Huck des sciences de la vie à Penn State, le département américain de l’Agriculture, l’institut national de l’alimentation et de l’agriculture, le programme de restauration de la faune et de la pêche sportive du US Fish and Wildlife Service, le fonds de protection du poisson et du gibier du département des ressources naturelles de l’Iowa, l’institut national of Allergy and Infectious Diseases, et le Houston Methodist Academic Institute Infectious Diseases Fund ont soutenu cette recherche.
Les autres auteurs de Penn State incluent Meera Surendran-Nair, professeur adjoint de clinique; Michèle Yon, technologue de recherche; Ruth H. Nissly, technologue en recherche; Lingling Li, technologue en recherche ; Bhushan M. Jayarao, professeur de sciences vétérinaires et biomédicales ; Kurt J. Vandegrift, professeur agrégé de recherche en biologie ; Costas D. Maranas, professeur Donald B. Broughton du département de génie chimique; Nicole Levine, technologue de recherche; et Peter J. Hudson, professeur de biologie Willaman. D’autres auteurs incluent Rachel M. Ruden, vétérinaire de la faune, Département des ressources naturelles de l’Iowa; Rahul K. Nelli, professeur assistant de recherche, Iowa State University ; Katriina Willgert, étudiante diplômée, Université de Cambridge ; Andrew JK Conlan, maître de conférences en épidémiologie, Université de Cambridge ; Randall J. Olsen, professeur de pathologie clinique, Houston Methodist et Weill Cornell Medical College, James J. Davis, biologiste computationnel, Argonne National Laboratory et Université de Chicago; et James M. Musser, professeur de pathologie et de médecine génomique, Houston Methodist.
