The list of SARS-CoV-2 variants, each with unique qualities that give it an advantage, continues to grow.
How is omicron different from previous variants?
There are two key differences between omicron and previous variants of the SARS-CoV-2 virus that emerged in late 2019. Early data suggests that omicron cases are milder than infections caused by the delta variant. In contrast, the omicron is much more transmissible – which means it spreads more easily – than the previous variants. It can be confusing to think about the overall effects of a milder virus that is also much more infectious.
When the delta variant became dominant and supplanted the alpha variant in the summer of 2021, it did so because it was between 40-60% more transmissible . Now the omicron variant is even more transmissible than delta .
It is difficult to quantify the degree of intrinsic transmissibility of one variant compared to another, because human behaviors and vaccination percentages are constantly changing. These factors, along with transmissibility, affect how a virus behaves in a population.
Compared to the original strain of SARS-CoV-2, omicron contains 72 mutations in its genome. Some of these mutations explain the complex new traits that characterize this variant. Half of these mutations concern the spike protein, the essential surface protein that allows the virus to attach and infect cells. It is also the key feature of the virus that is recognized by the human immune system.
Why is omicron spreading so quickly?
Early studies suggest that omicron is more efficient at reproducing in the upper respiratory tract, including the nose , throat, and mouth , than previous variants, making it closer to the common cold virus. If the data from these preliminary studies are confirmed, they could help explain the high transmissibility of omicron: Viruses that replicate in the upper respiratory tract can spread more easily , although the reasons for this are not completely understood. .
Also, the omicron is often able to evade existing immunity long enough to trigger an infection, cause symptoms, and spread to the next person. This explains why reinfections and vaccine infections seem to be more frequent with omicron.
Omicron contains a large number of mutations and is much more transmissible than previous variants of the SARS-CoV-2 virus.
Ces propriétés, ainsi que le moment où cette variante est apparue pendant la période des fêtes de fin d’année, ont entraîné une augmentation extraordinaire du nombre d’infections par le COVID-19 aux États-Unis. Si l’on ajoute l’hiver, qui a fait rentrer les gens à l’intérieur, et la fatigue pandémique, on obtient la tempête parfaite pour une transmission rapide.
La bonne nouvelle est que la vaccination et les rappels de vaccins offrent néanmoins une bonne protection contre les maladies graves et l’hospitalisation. Mais vu le nombre actuel de cas, cela signifie encore beaucoup de maladies, d’hospitalisations et de décès dans les semaines à venir.
L’omicron pourrait-il rapprocher la population de l’immunité collective ?
L’immunité collective se produit lorsque suffisamment de personnes sont immunisées contre un virus pour que celui-ci ne se propage plus. Elle n’est possible que si deux conditions sont réunies. Premièrement, une grande partie de la population doit être vaccinée ou avoir récupéré d’une infection antérieure. Deuxièmement, la vaccination ou l’infection antérieure doit conférer une immunité suffisante pour bloquer ou ralentir les infections futures. Les campagnes de vaccination, combinées à une infection omicron généralisée, suffiront-elles à conférer une immunité collective ?
Trois questions viennent compliquer cet espoir.d’obtenir une immunité collective à long terme après l’omicron. La première est que l’immunité s’affaiblit naturellement avec le temps, qu’elle provienne d’un vaccin ou d’une infection antérieure. On ne sait pas encore combien de temps dure l’immunité contre ce virus après une infection ou une vaccination, puisque le SRAS-CoV-2 n’infecte les humains que depuis deux ans. Des études contrôlées permettront à terme de le déterminer.
Deuxièmement, les enfants de moins de 5 ans ne sont pas encore éligibles pour les vaccins COVID-19, et de nouveaux enfants sensibles naissent chaque jour. Donc, jusqu’à ce que tous les groupes d’âge soient éligibles pour la vaccination, il y aura probablement une transmission continue chez les enfants.
Et troisièmement, nous ne pouvons pas exclure que de nouvelles variantes puissent échapper à l’immunité existante. Comme l’a montré omicron , l’infection par un variant ne garantit pas la protection contre l’infection par des variants futurs.
Ensemble, ces trois facteurs suggèrent que même si une fraction suffisamment importante de la population se remet de l’omicron, une immunité collective à long terme est peu probable. Ce sont les mêmes raisons pour lesquelles les humains ne parviennent jamais à obtenir une immunité collective durable contre la grippe et doivent recevoir un nouveau vaccin contre la grippe chaque année.
Il est important de se rappeler que, avec toutes les variantes à ce jour, la plupart des personnes qui sont hospitalisées pour le COVID-19 ne sont pas vaccinées . Cela montre que les vaccins sont un outil efficace pour réduire la gravité de la maladie et peuvent être bénéfiques même contre les nouveaux variants.
D’où viennent les nouveaux variants comme omicron ?
Lorsque les virus font plusieurs copies d’eux-mêmes à l’intérieur des cellules humaines, ils commettent des erreurs au cours de ce processus – des mutations – qui modifient leur code génétique. La plupart de ces mutations ne sont pas bénéfiques pour le virus. Cependant, dans certains cas, un virus tombe sur le jackpot d’une ou plusieurs mutations bénéfiques qui alimentent sa propagation dans une population. La variante alpha possède certaines mutations dans la protéine spike qui facilitent l’infection des cellules par les virus . Le variant delta présentait des mutations supplémentaires qui amélioraient la propagation du virus . Omicron, avec son nombre stupéfiant de mutations, est une véritable curiosité. Il est rare qu’un coronavirus accumule rapidement autant de mutations dans son génome.
Les origines de l’omicron sont encore mal comprises. Une théorie dominante est qu’une personne immunodéprimée a été infectée par un coronavirus pendant une période prolongée , entraînant une évolution virale accélérée . Une autre théorie suppose que l’omicron aurait pu évoluer chez une autre espèce animale et réinfecter ensuite l’homme. Enfin, l’omicron pourrait avoir évolué progressivement dans un endroit où la surveillance du séquençage est faible . Il reste encore beaucoup à comprendre sur les facteurs qui ont conduit à l’émergence de cette variante hautement mutée.
L’omicron pourrait-il muter pour devenir plus mortel ?
Les variantes qui ont pris de l’importance l’ont fait parce qu’elles contiennent des mutations avantageuses pour le coronavirus. Nous assistons essentiellement à l’évolution darwinienne, à la survie du plus apte, en temps réel. Les variantes présentant des mutations bénéfiques, comme celles qui permettent d’échapper aux anticorps ou de raccourcir les périodes d’incubation, supplantent rapidement leurs prédécesseurs moins adaptés.
La chose la plus importante à retenir de l’évolution des virus est que la sélection naturelle favorise les variantes qui se propagent mieux que les autres. La bonne nouvelle, c’est que les variantes plus pathogènes, ou dangereuses, ont moins de chances de se propager. En effet, les personnes qui se sentent particulièrement malades ont tendance à s’isoler naturellement, ce qui réduit les chances de transmission du virus.
Autre bonne nouvelle : comme l’infection par une variante confère une immunité partielle aux autres la propagation rapide d’omicron a entraîné le déclin rapide de delta.
À l’heure actuelle, on s’attend à ce que tous les nouveaux variants qui se répandent largement, c’est-à-dire les variants préoccupants continuent à être hautement transmissibles.
Qu’en est-il du buzz autour de ‘deltacron&rsquo ; et ‘flurona’ ?
Début janvier 2022, des chercheurs chypriotes ont rapporté des cas d’infections à COVID-19 contenant des séquences à la fois omicron et delta surnommées “deltacron”. Cependant, d’autres scientifiques spéculent qu’il ne s’agit de rien d’autre qu’un contaminant de laboratoire un échantillon omicron contaminé par delta. Alors queDes détails supplémentaires sont nécessaires, mais pour l’instant, il n’y a pas lieu de s’alarmer de cet hybride possible car il n’a pas été observé couramment.
Et ces dernières semaines le terme “flurona” a fait surface désignant une personne infectée à la fois par le virus de la grippe et par un coronavirus. Bien que rares, de telles situations se produisent, et il est important que vous réduisiez votre risque en recevant les vaccins contre la grippe et le COVID-19. Mais il est important de noter que flurona n’est pas une nouvelle combinaison des génomes de la grippe et du coronavirus, ce qui rend ce terme quelque peu erroné.
Écrit par :
- Sara Sawyer &ndash ; Professeur de biologie moléculaire, cellulaire et du développement, Université du Colorado Boulder
- Arturo Barbachano-Guerrero &ndash ; Chercheur postdoctoral en virologie, Université du Colorado Boulder
- Cody Warren – Postdoctoral Fellow in Virology and Immunology, University of Colorado Boulder
