Au cours des 20 dernières années, Amy Kuenzi a passé trois jours par mois à se rendre dans un ranch près de Gregson, dans le Montana, et à installer des pièges contenant du beurre de cacahuète et de l’avoine. Sa proie est la souris sylvestre. Elle prélève des échantillons de sang, cherche des cicatrices et des puces, et pose des étiquettes d’oreille.
“Les souris aiment les pièges et sont faciles à attraper”, dit-elle. “Mais ça peut être un travail misérable en hiver”.
L’objectif de Kuenzi est de mieux comprendre comment un type d’hantavirus appelé Sin Nombre se propage dans ces populations de souris.
Kuenzi, professeur de biologie à l’Université technologique du Montana, et sa collègue Angie Luis, professeur de biologie à l’Université du Montana, font partie d’un nombre croissant de chercheurs qui s’efforcent de prédire où les virus sont susceptibles de passer des animaux aux humains. Soixante pour cent des maladies humaines, y compris l’hantavirus Sin Nombre, ont pour origine des animaux, et deux tiers d’entre eux proviennent de la faune sauvage.
En comprenant l’hantavirus et l’écologie complexe qui le régit, Kuenzi et Luis espèrent également créer un système modèle pour mieux comprendre l’écologie de nombreux autres virus, notamment les coronavirus.
Les chercheurs ont construit six grands enclos au Bandy Ranch, un centre de recherche de l’Université du Montana. Là, ils peuvent étudier le comportement des souris sylvestres lorsqu’elles sont les seules occupantes, puis introduire les principaux rongeurs concurrents des souris, les campagnols, pour voir comment évoluent les populations de souris, leur comportement et la prévalence des maladies.
“Nous nous demandons comment les concurrents affectent la transmission des maladies”, a déclaré Luis à propos de cette recherche, récemment financée par une subvention de 2,5 millions de dollars de la National Science Foundation. “Nous essayons de comprendre qu’en stressant les animaux, en ajoutant ou en supprimant des concurrents, comment cela change-t-il la transmission ?”.
Le rôle de la biodiversité dans les zoonoses est complexe et peut avoir des effets tant positifs que négatifs. Par exemple, la concurrence d’autres rongeurs peut faire baisser le nombre de souris sylvestres et réduire la fréquence des interactions entre les souris, ce qui limite les infections. En même temps, la présence d’un plus grand nombre de concurrents peut stresser les souris sylvestres, et il a été démontré que le stress chez les animaux diminue leur immunité et augmente considérablement leur charge virale.
Le changement climatique est également un facteur. Les températures plus élevées et les fluctuations de la pluie et de la neige modifient les habitats, ce qui peut affecter les taux d’infection. La première épidémie reconnue d’hantavirus chez l’homme, en 1993, aurait été provoquée par un hiver humide qui a fourni davantage de nourriture aux souris
La zone d’étude du Montana ne compte que deux rongeurs principaux, ce qui en fait un système simple pour mener des recherches. Kuenzi et Luis recueillent également des données dans le Sud-Ouest, où le Sin Nombre est beaucoup plus répandu – et compliqué. “Sur un site en Arizona, nous avons capturé 29 espèces de petits mammifères de la taille d’un rongeur”, a déclaré Kuenzi. Le plus grand nombre d’espèces semble diminuer la prévalence de la maladie, selon Luis.
Sin Nombre, qui signifie “sans nom” en espagnol, est l’un des différents types d’hantavirus. Il est transmis par l’inhalation de particules en suspension dans l’air provenant d’excréments de souris. La maladie est rare chez l’homme mais peut être mortelle. En 1993, la première épidémie connue s’est déclarée dans la nation Navajo, dans le Sud-Ouest. Elle a tué 13 personnes, la moitié de celles qu’elle a infectées.
La maladie est plus répandue dans les zones rurales, où les souris et autres rongeurs sont communs, et les responsables de la santé publique demandent instamment aux gens de faire particulièrement attention lorsqu’ils nettoient des maisons ou des bâtiments qui ont été fermés pour l’hiver ou lorsqu’ils travaillent dans des zones comme les vides sanitaires ou les bâtiments vacants où les rongeurs peuvent être présents.
En 2012, Sin Nombre dans des cabanes de tentes du parc national de Yosemite a tué trois personnes. En 2004, le directeur adjoint du parc national des Glaciers est mort de cette maladie. Depuis la découverte de Sin Nombre en 1993 jusqu’en 2019, moins de 900 infections ont été signalées aux États-Unis.
L’espoir de la recherche dans le Montana est qu’elle conduira à des recommandations sur la façon de gérer les terres de manière à ne pas augmenter la prévalence de la maladie.
Ce n’est qu’un fil de la tapisserie de l’écologie des maladies. La longue liste des facteurs qui augmentent la possibilité que des agents pathogènes passent de l’animal à l’homme retient toute l’attention des chercheurs du monde entier à la suite de la pandémie causée par le SRAS-CoV-2. Les épidémies virales sont un produit de la façon dont les humains modifient le monde naturel, bien que les chercheurs cherchent à déterminer précisément comment.
Dans l’ensemble, les recherches menées au cours des 20 dernières années montrent que le maintien d’une nature intacte contribuera à minimiser le risque d’une nouvelle pandémie. “Il est de plus en plus évident que la biodiversité dilue les maladies”, a déclaré M. Luis. “À mesure que nous perdons la biodiversité, nous constatons une plus grande prévalence des maladies”.
QuandSi les animaux peuvent se déplacer pour trouver de la nourriture lorsqu’ils en ont besoin et éviter les humains et les animaux domestiques, “nous ne verrons pas de débordements”, a déclaré Raina Plowright, professeur à l’université d’État du Montana, qui étudie l’écologie des maladies chez les chauves-souris.
Les activités qui mettent les gens en contact avec la faune sauvage – comme l’agriculture, l’exploitation forestière et la construction de maisons dans des zones sauvages, qui modifient toutes l’écosystème – peuvent amplifier le risque de propagation.
Cela pourrait, par exemple, chasser complètement les concurrents des souris sylvestres. “Les souris sylvestres aiment les perturbations”, a déclaré Luis. Lorsque les terres sont développées, les espèces qui sont en concurrence avec les souris sylvestres peuvent se disperser, et sans concurrents, les souris sylvestres augmentent en nombre. Avec plus de souris, il y a plus de rencontres entre elles et la propagation de Sin Nombre.
Les premières études sur la biodiversité et les maladies ont eu lieu dans le nord de l’État de New York, où la fragmentation de l’habitat forestier par le développement a entraîné la disparition des renards, des hiboux, des faucons et d’autres prédateurs. Ces changements ont entraîné une multiplication par cinq du nombre de souris à pieds blancs, qui sont de puissants réservoirs de la bactérie responsable de la maladie de Lyme.
Mais l’idée que la biodiversité a des effets protecteurs est plus compliquée qu’on ne le pensait au départ. “Il y a beaucoup d’exceptions à cette idée que la biodiversité dilue les maladies”, a déclaré Luis. “Vous pouvez avoir des effets positifs et négatifs de la biodiversité en même temps. Il y a un effet global de dilution parce que les concurrents réduisent la densité des souris sylvestres”, a-t-elle ajouté, mais il pourrait y avoir une amplification du stress causé par les concurrents.
Kevin Lafferty est écologiste au Western Ecological Research Center de l’U.S. Geological Survey à Santa Barbara, en Californie, et étudie l’écologie des parasites. Se concentrer sur l’écologie des souris et de l’hantavirus est logique, dit-il : “Si les rongeurs sauvages … vont devenir plus abondants parce que nous perturbons l’environnement, alors ces maladies particulières pourraient être le genre de choses dont nous devrions nous inquiéter.”
Toutefois, la notion générale de protection de la biodiversité pour prévenir les maladies est un “vœu pieux”, a-t-il déclaré. “C’est une façon vague et inefficace de résoudre les problèmes de santé humaine”, a déclaré M. Lafferty. Il ajoute que les chercheurs devraient plutôt se concentrer sur la façon dont les hôtes des virus réagissent à l’environnement.
Luis est d’accord sur le fait que davantage de travail doit être fait sur un sujet compliqué. “Les épidémies qui passent de l’animal à l’homme ne sont devenues plus fréquentes qu’au cours des 30 à 40 dernières années”, a déclaré M. Luis. “Ce n’est pas la dernière pandémie. Nous devons comprendre comment ce que nous faisons conduit à ces épidémies.”
