Méfiez-vous des Nibblerids, car ils vous grignoteront en lambeaux. Leur nom pourrait les faire ressembler aux antagonistes d’un livre pour enfants, mais si vous êtes un microbe, les nibblerides peuvent être assez effrayants. Ces minuscules organismes unicellulaires sont des prédateurs voraces qui utilisent une structure ressemblant à une dent pour déchiqueter leur proie petit à petit. Il s’avère qu’ils occupent également une toute nouvelle branche de l’arbre de la vie – une nouvelle forme de vie très différente et éloignée de toutes les autres créatures vivantes connues.
“Ce sont les lions du monde microbien”, a déclaré dans un communiqué le Dr Patrick Keeling, professeur de botanique à l’université de Colombie-Britannique. Une nouvelle analyse de Keeling et de ses collègues, publiée dans le journal Naturemet en lumière certains des comportements étranges et violents du monde microbien, expliquant pourquoi les nibbleridés sont si uniques.
Tout autour de nous, et même en nous, des dizaines de trillions de microbes sont engagés dans une bataille sans fin. Les bactéries, les champignons microscopiques, les amibes, les tardigrades et autres minuscules créatures ont développé des armes de destruction massive, telles que les toxines, les biofilms et les enzymes spécialisées, afin de se faire la guerre.
Mais malgré toute cette action, les humains disposent de relativement peu d’informations sur qui fait le combat. Il n’y a tout simplement pas eu assez de recherches sur les microbes pour les inventorier réellement. Les estimations varient, mais certaines recherches suggèrent qu’il existe littéralement des millions de micro-organismes inconnus, englobant de multiples branches inexplorées de l’arbre de la vie, parfois décrites comme de la “matière noire microbienne”. À mesure que nous développons de meilleurs moyens de recenser ces minuscules formes de vie, les biologistes ont jugé bon de réécrire d’énormes parties de l’arbre de vie, qui est un modèle d’évolution expliquant la relation entre tous les êtres vivants – souvent visualisé comme un “arbre” à différentes branches. À la base de l’arbre de vie se trouve la première cellule ayant jamais existé.
“Ignorer les écosystèmes microbiens, comme nous le faisons souvent, c’est comme avoir une maison à réparer et se contenter de redécorer la cuisine, mais ignorer le toit ou les fondations”, a déclaré Keeling. “Il s’agit d’une branche ancienne de l’arbre de vie qui est à peu près aussi diversifiée que les règnes animal et fongique réunis, et personne ne savait qu’elle existait.”
En bref, la taxonomie est le domaine scientifique qui s’intéresse à la façon dont nous classons les organismes vivants. Ce système hiérarchique est très incomplet, controversé et souvent révisé, mais il est utile pour nommer, définir et regrouper les organismes en fonction de leurs caractéristiques et de leurs relations évolutives. Il commence largement avec trois domaines : Archaea, Bacteria, and Eukarya, puis se subdivise en royaumes, pour continuer à se réduire jusqu’aux espèces.
En analysant dix souches de micro-prédateurs non décrites auparavant, ce nouvel article suggère qu’il devrait y avoir une nouvelle catégorie appelée Provora.
Les humains, par exemple, sont des eucaryotes du règne animal et le nom de notre espèce est le suivant Homo sapiens. Les eucaryotes constituent une catégorie tellement vaste qu’elle inclut les champignons, les chiens, les arbres et même les protistes, des organismes unicellulaires microscopiques qui n’entrent pas vraiment dans les catégories des plantes, des animaux ou des champignons.
Mais en analysant dix souches de micro-prédateurs jusqu’alors non décrites, ce nouvel article suggère qu’il devrait y avoir une nouvelle catégorie appelée Provora. Après avoir effectué des analyses génétiques de ces prédateurs microbiens, il est apparu que leurs différences génétiques constituaient une toute nouvelle branche de la vie.
“Provora est un ancien super-groupe d’eucaryotes qui rivalise avec les royaumes traditionnels des animaux, des champignons ou des plantes en termes d’ancienneté et de niveau de divergence entre ses quelques membres décrits”, ont écrit les auteurs. En d’autres termes, la comparaison des génomes des organismes de Provora a révélé une diversité frappante, suggérant qu’ils sont très différents des autres êtres vivants.
Il existe deux branches principales de Provora, qui contiennent les nibbleridés mais aussi les nébulidés, qui mesurent environ 10 micromètres de long et avalent leurs proies entières. L’un de ces organismes, Ancoracysta twista, a été découvert en 2017 sur un corail cerveau d’aquarium tropical par Keeling et d’autres, mais il était si bizarre par rapport aux autres microbes qu’il était considéré comme “orphelin”. Maintenant, il a une place plus établie sur l’arbre phylogénétique, ce qui aide à mieux expliquer son histoire évolutive et sa position dans la toile de la vie. A. twista mange sa proie entière en utilisant une bouche spécialisée appelée cytosome.
“Les nibbleridés peuvent également engloutir des proies entières, mais ils se nourrissent de manière plus caractéristique en adoptant un comportement unique qui consiste à mordre et à ingérer une partie d’une grande…
.la cellule de la proie en fermant leur rainure ventrale”, ont écrit les auteurs. Le sillon est une projection en forme de dent qui dépasse et permet aux Nibblerids d’attaquer des victimes plus grandes qu’eux. “Ce mode d’alimentation est unique, et démontre comment des flagellés de taille picométrique peuvent se nourrir de cellules plus grandes, ce qui n’est souvent pas pris en compte dans la modélisation des réseaux alimentaires microbiens.”
En ce qui concerne les animaux, les prédateurs sont relativement rares par rapport aux espèces herbivores. Il y a beaucoup moins de lions que de gazelles. La même règle générale existe dans le monde des microbes. Les nibbleridés et les nébulidés sont également rares.
Pour trouver ces micro-prédateurs, les chercheurs ont prélevé des échantillons d’eau sur toute la planète, y compris dans les récifs coralliens de Curaçao, au fond de l’océan, en pleine mer, dans l’eau douce et dans l’eau salée et saumâtre. En fait, le seul endroit où ils n’ont pas semblé trouver ces petits gars était dans le sol.
“Ces prédateurs sont répartis dans le monde entier dans les environnements marins et d’eau douce, mais ils sont numériquement rares et ont donc été négligés par les enquêtes sur la diversité moléculaire”, rapportent les auteurs.
Les scientifiques découvrent sans cesse de nouvelles espèces, mais il est rare que ces découvertes conduisent à de nouvelles branches aussi profondes dans l’arbre de la vie. En raison de leur taille, les microbes sont souvent ignorés par les scientifiques, mais plus nous leur prêtons attention, plus il devient évident que nous en savons peu sur cet univers fascinant et microscopique qui nous entoure.
