Avec chaque nouvelle variante de SRAS-CoV-2 qui émerge pour provoquer une augmentation des cas, une question inquiétante se pose également : le virus pourrait-il éventuellement arriver à un ensemble de mutations qui lui permettraient d’échapper complètement à notre réponse immunitaire ?
Une nouvelle étude, publiée dans La nature, suggère qu’il sera difficile pour le virus d’y arriver. En étudiant des dizaines de mutations naturelles et sélectionnées en laboratoire, y compris celles trouvées dans Delta et d’autres variantes préoccupantes, les chercheurs ont découvert qu’une future variante du SRAS-CoV-2 devra contenir environ 20 des bonnes mutations pour devenir totalement résistante aux anticorps qui une personne moyenne génère en réponse à une infection à coronavirus ou à une vaccination.
Mais même si le virus réussit cet exploit génétique, il reste vulnérable à un ensemble amélioré d’anticorps : ceux qui surviennent après une infection naturelle et encore renforcés par des vaccins à ARNm.
Les résultats suggèrent que notre système immunitaire, s’il est correctement stimulé, est capable de faire face au pire que le coronavirus pourrait avoir à offrir dans un avenir prévisible. « L’immunité des personnes qui ont combattu le COVID l’année dernière et qui ont ensuite reçu des vaccins à ARNm est incroyablement large », a déclaré Paul Bieniasz, chef du laboratoire de rétrovirologie de Rockefeller. “Cela nous dit que bien que l’infection naturelle ou les vaccins conduisent à l’immunité, ils n’ont en aucun cas épuisé la capacité du système immunitaire humain à se défendre contre ce virus.”
Virus polymutants
Tout comme le coronavirus se présente sous de nombreuses variantes, nos anticorps aussi. C’est pourquoi même la variante Delta, la version la plus contagieuse du SRAS-CoV-2 à ce jour, n’échappe pas entièrement à notre réponse immunitaire. Il peut esquiver certains des anticorps que nous produisons, mais pas tous. Mais Delta n’est pas la dernière version du SARS-CoV-2 que nous allons voir. Le virus se réplique toujours à un taux élevé dans de grandes populations – de nouvelles mutations apparaissent et de nouvelles variantes apparaissent continuellement.
Les post-doctorants Fabian Schmidt et Yiska Weisblum ont entrepris d’identifier les types de mutations qui donnent au SRAS-CoV-2 l’avantage sur les anticorps. Pour l’étude, ils ont d’abord créé un remplaçant sûr du coronavirus en modifiant un virus différent et inoffensif pour exprimer la protéine de pointe SARS-CoV-2 à sa surface. Au fur et à mesure que les faux coronavirus se sont reproduits, certains ont détecté des mutations en faisant des erreurs en se copiant. L’équipe a ensuite baigné les faux coronavirus dans plasma des échantillons de personnes qui s’étaient rétablies de COVID et ont sélectionné les mutants qui ont échappé à la neutralisation par les anticorps. Quelques tours de cela et l’équipe a trouvé de nombreuses mutations qui se trouvaient aux mêmes endroits que celles qui se produisent naturellement dans les variantes du SRAS-CoV-2, y compris celles trouvées dans Delta ou d’autres variantes préoccupantes.
Les chercheurs ont ensuite créé un virus « polymutant » : un faux coronavirus arborant une protéine de pointe comportant 20 des pires de ces mutations à la fois. Ce polymutant a montré une résistance presque complète aux anticorps générés par des individus infectés ou vaccinés contre le SRAS-CoV-2. “Il est donc possible que le virus évolue et échappe à la majorité de nos anticorps, mais la barrière génétique à cela est assez élevée”, explique Bieniasz.
Immunité supplémentaire
Les résultats d’un groupe de personnes suggèrent qu’à long terme, notre système immunitaire gagnera la course contre le coronavirus en mutation. Les personnes qui ont subi à la fois une infection naturelle et une vaccination produisent des anticorps remarquablement efficaces. Auparavant, l’équipe Rockefeller qui comprend Michel Nussenzweig, Paul Bieniasz et Theodora Hatziioannou, professeure agrégée de recherche à Rockefeller, a découvert qu’après la disparition de l’infection, les anticorps continuent d’évoluer sur plusieurs mois, devenant mieux à se lier plus étroitement à la protéine de pointe. Recevoir des vaccins à ARNm stimule fortement ces anticorps encore plus, en les augmentant en nombre et en améliorant leur capacité à faire face à de nombreuses variantes simplement en se liant de plus en plus étroitement à la séquence d’origine.
Dans la présente étude, le plasma de ceux qui avaient été à la fois infectés et vaccinés a neutralisé le pic polymutant. Il a également neutralisé les six variantes du SRAS-CoV-2 testées, ainsi que le coronavirus du SRAS d’origine et les virus de type SRAS trouvés chez les chauves-souris et les pangolins. “Les anticorps de ce groupe de personnes sont incroyablement puissants et flexibles”, déclare Hatziioannou, qui a co-dirigé l’étude. “Il est probable qu’ils offrent une protection contre toutes les variantes du SRAS-CoV-2 à l’avenir et éventuellement contre les futures pandémies de coronavirus.”
D’autres études montreraient si les injections de rappel pourraient conduire à une amélioration similaire des anticorps chez les personnes vaccinées qui n’ont jamais été infectées par le coronavirus.
Référence : « Barrière génétique élevée à l’échappement des anticorps neutralisants polyclonaux du SRAS-CoV-2 » par Fabian Schmidt, Yiska Weisblum, Magdalena Rutkowska, Daniel Poston, Justin Da Silva, Fengwen Zhang, Eva Bednarski, Alice Cho, Dennis J. Schaefer-Babajew, Christian Gaebler, Marina Caskey, Michel C. Nussenzweig, Theodora Hatziioannou et Paul D. Bieniasz, 20 septembre 2021, La nature.
DOI : 10.1038 / s41586-021-04005-0
