Cette image montre l’extérieur du « Tom Harkin Global Communications Center » du CDC situé sur le campus Roybal de l’organisation à Atlanta, en Géorgie. Crédit : James Gathany, Centers for Disease Control and Prevention
Réactivité faussement positive dans les premiers tests RT-PCR en raison d’erreurs de contamination et de conception.
Le premier lot de COVID-19[feminine les tests distribués par les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis ont montré une réactivité faussement positive des contrôles négatifs en raison de défauts dans la conception du test et de la contamination dans l’un des composants du test, selon une enquête interne du CDC publiée cette semaine dans le libre accès journal PLOS UN.
Le complet SRAS-CoV-2 La séquence du génome d’un patient de Wuhan, en Chine, a été publiée le 12 janvier 2020, et les scientifiques du CDC ont commencé le développement rapide d’un panel de diagnostic RT-PCR en temps réel pour détecter le nouveau coronavirus. Le premier panel RT-PCR, distribué aux laboratoires de santé publique des États américains à partir du 5 février 2020, a été conçu pour reconnaître trois points uniques, ou « loci » sur le génome du SRAS-CoV-2. Quelques jours après la distribution, le CDC a reçu des rapports de plusieurs laboratoires de réactivité faussement positive dans les contrôles négatifs générés par deux des trois sondes, connues sous le nom de N1 et N3. Cela a conduit à des modifications du panneau, y compris le retrait des sondes N3.
Un employé de laboratoire passe un test d’écouvillonnage COVID-19.
Dans la nouvelle étude, les chercheurs du CDC ont examiné la conception, la validation, la fabrication et la distribution du panel de diagnostic. L’équipe a conclu que l’une des sources de la réactivité faussement positive du contrôle négatif était la contamination du composant N1 des kits RT-PCR par un morceau synthétique de matériel génétique. La contamination N1 a été détectée dans le lot de production initial de kits distribués, entraînant environ 2 % de faux positifs, mais le matériel de pré-validation n’était pas contaminé (0 % de faux positifs). Les chercheurs ont donc déterminé que la contamination N1, qui a depuis été résolue, s’est produite pendant le processus de contrôle qualité post-production ou l’emballage des kits.
Pendant ce temps, la réactivité faussement positive du contrôle négatif de la sonde N3 était due à un défaut de conception, rapportent les scientifiques. Deux molécules de la sonde N3 se lient fréquemment l’une à l’autre en l’absence de virus, déclenchant la fluorescence qui signale une réaction positive. Cette réactivité faussement positive du contrôle négatif augmentait avec l’âge des kits de test RT-PCR, ce qui pourrait expliquer pourquoi les premières séries d’évaluation, utilisant des matériaux nouvellement produits, n’ont pas vu de niveaux élevés de faux positifs.
L’équipe affirme que ce problème de réactivité faussement positive du contrôle négatif a depuis conduit à des améliorations du contrôle qualité, de l’assurance qualité et de la validation des tests pour la RT-PCR et d’autres tests de diagnostic au CDC. Ces changements comprennent des étapes supplémentaires d’examen et d’approbation par des experts indépendants de l’équipe de conception du panel de diagnostic, ainsi que le pilotage des panels de diagnostic avec des laboratoires de santé publique pour confirmer la fonctionnalité et la convivialité.
Référence : « Analyse du lot initial du panel de diagnostic RT-PCR en temps réel du CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) » par Justin S. Lee, Jason M. Goldstein, Jonathan L. Moon, Owen Herzegh, Dennis A Bagarozzi Jr., M. Steven Oberste, Heather Hughes, Kanwar Bedi, Dorothie Gerard, Brenique Cameron, Christopher Benton, Asiya Chida, Ausaf Ahmad, David J. Petway Jr., Xiaoling Tang, Nicky Sulaiman, Dawit Teklu, Dhwani Batra, Dakota Howard, Mili Sheth, Wendi Kuhnert, Stephanie R. Bialek, Christina L. Hutson, Jan Pohl et Darin S. Carroll, 15 décembre 2021, PLoS UN.
DOI : 10.1371 / journal.pone.0260487
