Une seule sous-souche « chanceuse » de la variante Delta représente 90 % des infections au COVID-19 en Russie

Coronavirus Russie

Les scientifiques de Skoltech et leurs collègues ont examiné la constitution génétique de la souche dominante du coronavirus, la variante delta, en Russie. Selon eux, une seule sous-variante virale est rapidement devenue responsable d’une écrasante majorité des cas, contrairement à de nombreux autres pays. L’équipe a conclu que cela s’était probablement produit par pur hasard et non parce que la sous-souche est plus infectieuse ou résistante à l’immunité. Signalé dans une prépublication le medRxiv, les résultats suggèrent qu’au début d’une nouvelle vague pandémique, chaque cas compte et des réglementations strictes sur les voyages sont une contre-mesure efficace.

Les chercheurs surveillent l’augmentation et la propagation de sous-variantes de coronavirus distinctes, techniquement connues sous le nom de lignées, pour garder un œil sur l’évolution du virus et découvrir suffisamment tôt certaines des mutations les plus désagréables qu’il peut acquérir – celles qui le rendent meilleur pour infecter les gens, résister immunité naturelle ou basée sur un vaccin, et échapper aux kits de test.

“Mais une sous-lignée peut aussi s’avérer fructueuse simplement parce qu’elle a eu de la chance. Et comprendre de tels scénarios est également important pour donner un sens à l’épidémie et prédire son évolution », a commenté le chercheur principal de l’étude, ​​Georgii Bazykin de Skoltech et le Kharkevich Institute for Information Transmission Problems of RAS. “Cela s’est apparemment produit avec la variante delta, qui a dominé l’épidémie russe entre avril et octobre 2021.”

Les chercheurs ont découvert qu’une lignée spécifique appelée AY.122 “était responsable de 85% de toutes les infections russes en avril 2021, mais seulement de 0,5% des cas dans le monde”, indique le document. Plus de 90 % des échantillons viraux analysés dans l’étude présentaient un ensemble révélateur de mutations, ce qui suggère fortement qu’ils étaient tous issus d’un seul cas d’infection « importé » de l’étranger. Bien que les preuves génétiques indiquent également plusieurs autres événements d’importation, ceux-ci se sont avérés relativement infructueux.

Ni la propagation du delta dans la plupart des autres pays ni les vagues de coronavirus pré-delta en Russie n’ont été caractérisées par une sous-souche dominant l’épidémie nationale dans la mesure révélée dans l’étude. Cela place la Russie dans un groupe avec Singapour, l’Australie, le Royaume-Uni, la Turquie et le Japon, où aucune diversité génétique particulière n’est observée dans la variante delta. Au pôle opposé se trouvent des pays comme la Pologne, la Grèce, la Roumanie et la République tchèque, qui ont vu la montée de plusieurs sous-souches concurrentes.

« Bien que le succès de la sous-lignée répandue en Russie n’ait apparemment rien à voir avec son adaptabilité, le plus gros point à retenir est peut-être celui-ci : nous pouvons clairement voir comment le nombre d’importations d’infections en provenance d’autres pays peut avoir un effet énorme au début d’une nouvelle vague. de l’épidémie, car même une seule importation d’une sous-variante pas particulièrement désagréable peut rapidement devenir incontrôlable », a déclaré Bazykin.

Cela suggère que des restrictions de voyage strictes imposées à un stade précoce peuvent jouer un rôle décisif pour retarder le moment où la prochaine vague frappe et l’étirer. Ceci est utile pour réduire la charge sur le système de santé et tirer le meilleur parti des faits qui émergent à mesure que nous devenons plus conscients de la voie que prend l’évolution du virus.

« Je vois ces découvertes sous un jour plein d’espoir. À savoir, étant donné que le nombre de cas importés dans un pays, disons, en une semaine s’avère si important au début, cela signifie que l’élaboration de politiques intelligentes peut réellement être efficace », a conclu le chercheur.

Référence : « La montée et la propagation de la SRAS-CoV-2 Lignée AY.122 en Russie »par Galya V. Klink, Ksenia Safina, Elena Nabieva, Nikita Shvyrev, Sofya Garushyants, Evgeniia Alekseeva, Andrey B. Komissarov, Daria M. Danilenko, Andrei A. Pochtovyi, Elizaveta V. Divisenko, Ly Vasilchenko, Elena V. Shidlovskaya, Nadezhda A. Kuznetsova, Consortium de l’Initiative de génétique russe sur les coronavirus (CoRGI), Andrei E. Samoilov, Alexey D. Neverov, Anfisa V. Popova, Gennady G. Fedonin, Le consortium CRIE, Vasiliy G. Akimkin , Dmitry Lioznov, Vladimir A. Gushchin, Vladimir Shchur et Georgii A. Bazykin, 5 décembre 2021, medRxiv.
DOI : 10.1101/2021.12.02.21267168

L’étude rapportée dans cette histoire était un travail conjoint de nombreuses institutions russes impliquées dans l’analyse génétique du SRAS-CoV-2. La plupart de ces organisations font partie du consortium de la Coronavirus Russian Genetics Initiative.

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