Le virus COVID a tellement muté depuis 2019 que certains experts disent qu’il devrait être renommé SARS-CoV-3

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Le lundi 10 avril, le président Joe Biden a signé un projet de loi qui a immédiatement mis fin à l’urgence nationale COVID-19, promulguée pour la première fois en 2020 lorsque le virus SARS-CoV-2 s’est emparé du pays. Cela signifie-t-il donc que la pandémie est enfin, officiellement terminée ?

Bien que COVID fasse encore occasionnellement la une des journaux, certains Américains (mais pas tous) vivent comme si le virus avait cessé d’exister. Le port du masque en public n’est plus la norme sauf dans certains milieux professionnels ; relativement peu de personnes ont reçu le vaccin bivalent le plus récent ; et contracter le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID, est désormais généralement considéré comme plus un inconvénient qu’une maladie potentiellement mortelle.

“Ce virus reste instable – il ne s’est pas installé dans un schéma prévisible, ce qui signifie que les systèmes de surveillance doivent être sensibles pour détecter les premiers signes d’une nouvelle poussée.”

Pour d’autres, en particulier les personnes dont le système immunitaire est affaibli ou le COVID long, la pandémie reste une menace omniprésente. Même si les vaccins, les traitements et l’immunité contre les infections antérieures protègent le public contre l’hospitalisation et la mort, tout le monde ne sort pas indemne d’une infection au COVID ces jours-ci.

Pourtant, alors que les cas et les hospitalisations ont tendance à baisser, environ 1700 Américains sont morts du COVID la semaine se terminant le 5 avril. Ces taux de mortalité ne sont que légèrement inférieurs à ce qu’ils étaient en juillet 2021. Compte tenu de cela, quels progrès avons-nous réellement réalisés ?

De plus, chaque été au cours des trois dernières années, les États-Unis ont connu une augmentation des cas de COVID – 2022 apportant un plateau long et soutenu d’infections et de décès qui n’était pas historiquement élevé, mais certainement pas bas non plus.

Les cas ne sont pas la seule chose à tomber non plus, tout comme la surveillance du virus. Nous effectuons moins de tests et moins de séquençage de la génétique du SRAS-CoV-2.

Compte tenu de tout cela, la question mérite d’être posée : baisse-t-on la garde en agitant le drapeau de la mission accomplie ?

Lorsqu’on lui a demandé s’il existait une surveillance adéquate des nouvelles variantes, le Dr Margaret Harris, porte-parole de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), a catégoriquement répondu non.

“Les tendances actuelles des cas de COVID-19 signalés sont des sous-estimations du nombre réel d’infections et de réinfections mondiales, comme le montrent les enquêtes de prévalence”, a déclaré Harris à Salon dans un e-mail. “Cela est en partie dû à la réduction des tests et aux retards de notification dans de nombreux pays. La réduction des tests signifie une réduction du séquençage génétique, car vous devez d’abord trouver le virus pour le séquencer.”

“Nous appelons continuellement les États membres à maintenir des tests et un séquençage solides afin d’identifier de nouvelles variantes mais aussi de comprendre le niveau de transmission du SRAS-CoV-2 dans leurs populations”, a poursuivi Harris. “Ce virus reste instable – il ne s’est pas installé dans un schéma prévisible, ce qui signifie que les systèmes de surveillance doivent être sensibles pour détecter les premiers signes d’une nouvelle poussée.”

XBB.1.5, surnommé par certains “Kraken”, est jusqu’à présent la variante dominante pour la majeure partie de 2023, avec des cas estimés de Kraken dépassant 70% depuis la semaine du 11 février. Il a de loin éclipsé les BQ.1 et BQ.1.1 variantes. Pendant ce temps, BA.2 et BA.5, les deux variantes qui ont dominé le nombre de cas pendant la majeure partie de 2022, ont pratiquement disparu.

Selon les dernières données de suivi des variantes du CDC, les seules autres variantes qui circulent réellement aux États-Unis sont la progéniture de XBB.1.5 : XBB.1.9 et XBB.1.5.1. Pendant ce temps, XBB.1.16 se répand rapidement en Inde et pourrait éventuellement faire son chemin vers l’Amérique du Nord. Notamment, XBB a été détecté pour la première fois à Singapour avant que sa progéniture ne fasse le saut à travers le Pacifique, bien que XBB.1.5 ait été détecté pour la première fois aux États-Unis et soit probablement originaire du nord-est.

Tous ces noms peuvent ressembler à du charabia pour la plupart des non-experts – et il y a une raison pour laquelle c’est si déroutant. Lorsque des variantes du virus ont muté et évolué en de nouvelles souches présentant des avantages significatifs par rapport aux anciennes lignées, l’OMS a commencé à donner à ces “variantes préoccupantes” des noms à partir de l’alphabet grec. Par conséquent, des variantes comme delta et gamma ont fait la une des journaux lorsqu’elles sont apparues et ont commencé à se répandre – mais l’OMS n’a pas encore attribué de nouveau nom grec à aucune variante depuis qu’omicron a bondi fin 2021. Au lieu de cela, nous avons cette soupe alphabétique de variantes nommées, toutes de qui sont des sous-souches techniquement différentes d’omicron.

Même une variation mineure dans la génétique d’un virus peut équivaloir à une énorme différence dans la façon dont l’immunité contre les vaccins et les infections antérieures peut les arrêter. Si le virus développe une sorte d’avantage – comme les virus sont susceptibles de le faire et tout comme le SRAS-CoV-2 l’a fait à plusieurs reprises tout au long de la pandémie – une autre poussée n’est pas hors de question.

À la mi-mars, l’OMS a mis à jour sa définition de ce qui rend les variantes COVID menaçantes et classe actuellement XXB.1.5 comme une “variante d’intérêt”, ce qui signifie qu’elle est considérée comme moins menaçante que les variantes préoccupantes précédentes.

Néanmoins, certains virologues ont fait valoir que XBB et ses proches parents sont si génétiquement différents de la toute première souche de SARS-CoV-2 qu’il devrait techniquement être renommé un nouveau virus, SARS-CoV-3.

“XBB.1.5 montre un avantage de croissance et une capacité d’évasion immunitaire plus élevée, mais les preuves de plusieurs pays ne suggèrent pas que XBB et XBB.1.5 sont associés à une gravité ou à une mortalité accrues”, a déclaré Harris. “Dans les pays où la variante a entraîné une augmentation des cas, les vagues sont nettement plus petites par rapport aux vagues précédentes.”

C’est une bonne nouvelle, mais à mesure que le virus rebondit entre les hémisphères, il peut acquérir de nouvelles mutations qui lui permettent d’infecter plus efficacement ou d’échapper à l’immunité. Certains de nos traitements, mais pas tous, ont cessé de fonctionner contre les souches XBB. Les anticorps monoclonaux ne l’arrêtent pas, mais les médicaments antiviraux comme Paxlovid et les vaccins de rappel bivalents sont toujours très efficaces.

Mais le manque combiné d’intérêt du public pour la pandémie, illustré par les marches victorieuses des dirigeants politiques, a conduit à une diminution du pool de données sur le COVID car il y a moins de financement accordé au suivi et à la recherche. Comme nous l’avons vu lors des vagues précédentes, la situation peut changer sans avertissement. La situation est aggravée par les animaux sauvages qui abritent le COVID, un réservoir viral qui pourrait se répercuter sur l’humanité si l’occasion se présentait.

“Très peu d’entre nous ont eu le rappel bivalent, donc en termes de protection, nous sommes un peu vulnérables”, a déclaré Rajnarayanan à Salon.

“Le niveau de surveillance génomique a diminué, et il y a également des indications que le financement de la surveillance des eaux usées prendra fin à certains endroits”, a déclaré le Dr T. Ryan Gregory, biologiste de l’évolution et du génome à l’Université de Guelph au Canada. Salon dans un e-mail. “Nous avons beaucoup moins d’informations qu’auparavant, ce qui entrave la capacité de détecter et de suivre de nouvelles variantes. Il convient également de noter que l’Inde et la Chine comprennent environ un tiers de la population mondiale, et nous avons très peu d’informations sur les variantes là-bas. “

Alors que les tendances générales sont à la baisse, de nombreuses personnes seraient particulièrement vulnérables à une infection au COVID en ce moment, selon le Dr Rajendram Rajnarayanan, doyen adjoint de la recherche et professeur associé au campus de l’Institut de technologie de New York à Jonesboro, Arkansas.

“Très peu d’entre nous ont eu le rappel bivalent, donc en termes de protection, nous sommes un peu vulnérables”, a déclaré Rajnarayanan à Salon. Il a noté que COVID est toujours une maladie grave et potentiellement mortelle pour les personnes immunodéprimées et les personnes de plus de 70 ans. La plupart des personnes qui ont reçu des injections de rappel bivalentes – si elles l’ont fait du tout – ont reçu le coup à l’automne. À ce jour, cette immunité a probablement diminué et il n’y a pas eu beaucoup de communication sur le moment ou si un nouveau rappel sortira plus tard cette année. Selon NPR, la Food and Drug Administration a déclaré qu’elle permettrait à certaines personnes de plus de 65 ans d’obtenir un deuxième rappel bivalent, mais cela n’a pas encore été officiellement annoncé.

Ainsi, alors que les infections ont tendance à baisser, l’immunité l’est également. Dans le passé, des lacunes majeures dans l’immunité ont été suivies de surtensions majeures, comme avec delta et omicron.

“Quand il y a une grande pause et qu’une nouvelle variante arrive, nous ne sommes pas vraiment protégés. Mais quand il y a des vagues répétées, la vague précédente protège généralement la vague suivante.” dit Rajnarayanan. “Chaque fois que la variante baisse, quelque chose monte plus tard. Seul l’écart entre les deux pics a changé.”

Malgré l’imprévisibilité du SARS-CoV-2, la stratégie pour le combattre n’a pas changé. Le masquage en public, l’amélioration de la ventilation intérieure, les tests le cas échéant, le fait de rester à la maison en cas de maladie et le suivi des vaccins lorsque cela est possible sont de bonnes stratégies pour tenir le virus à distance. Mais dans l’ensemble, il ne suffit pas de dire que l’urgence est terminée. Nous devons être stratégiques et surveiller de près l’évolution de la COVID également.

“Les gens ont changé, nos approches ont changé et nous n’avons besoin d’aucune approche moderne pour vaincre ce virus”, a déclaré Rajnarayanan. “Nous savons comment faire cela… nous devons le faire collectivement. C’est tout ce qu’il y a à faire.”

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