Les scientifiques trouvent des variantes en séquençant des échantillons de personnes testées positives pour le virus.
Quelle est la science derrière la recherche?
La chasse aux variantes nécessite un effort concerté. L’Afrique du Sud et le Royaume-Uni ont été les premiers grands pays à mettre en œuvre à l’échelle nationale surveillance génomique efforts pour le SARS-CoV-2 dès avril 2020.
La chasse aux variantes, aussi excitante que cela puisse paraître, est effectuée par séquençage du génome entier d’échantillons testés positifs pour le virus. Ce processus consiste à vérifier chaque séquence obtenue pour les différences par rapport à ce que nous savons qui circule en Afrique du Sud et dans le monde. Lorsque nous constatons plusieurs différences, cela déclenche immédiatement un signal d’alarme et nous enquêtons davantage pour confirmer ce que nous avons remarqué.
Heureusement, l’Afrique du Sud est bien préparée pour cela. C’est grâce à un référentiel central des résultats des laboratoires du secteur public au Service national de laboratoire de santé, (NGS-SA), de bons liens avec les laboratoires privés, le Centre provincial de données sur la santé de la province du Cap occidental, et à la pointe de la technologie expertise en modélisation.
De plus, l’Afrique du Sud dispose de plusieurs laboratoires qui peuvent cultiver et étudier le virus réel et découvrir dans quelle mesure les anticorps, formés en réponse à la vaccination ou à une infection précédente, sont capables de neutraliser le nouveau virus. Ces données nous permettront de caractériser le nouveau virus.
Variantes 3D du virus Covid-19 (Sars-COV-2). Alpha, Beta, Gamma, Delta sur fond blanc.
La variante bêta s’est propagée beaucoup plus efficacement entre les personnes par rapport au SARS-CoV-2 « de type sauvage » ou « ancêtre” et a provoqué la deuxième vague pandémique en Afrique du Sud. Il a donc été classé parmi les variantes préoccupantes. En 2021, une autre variante préoccupante appelée delta s’est propagée dans une grande partie du monde, y compris en Afrique du Sud, où elle a causé une troisième vague pandémique.
Très récemment, le séquençage de routine des laboratoires membres du Network for Genomics Surveillance a détecté une nouvelle lignée virale, appelé B.1.1.529, en Afrique du sud. Soixante-dix-sept échantillons collectés à la mi-novembre 2021 dans la province du Gauteng présentaient ce virus. Il a également été signalé en petit nombre au Botswana et à Hong Kong voisins. L’affaire de Hong Kong serait un voyageur d’Afrique du Sud.
L’Organisation mondiale de la santé a donné B.1.1.529 le nom Omicron et l’a classé comme variante préoccupante, comme bêta et delta.
Pourquoi l’Afrique du Sud présente-t-elle des variantes préoccupantes ?
Nous ne savons pas avec certitude. Cela semble certainement être plus que le résultat d’efforts concertés pour surveiller le virus en circulation. Une théorie est que les personnes dont le système immunitaire est très affaibli et qui subissent une infection active prolongée parce qu’elles ne peuvent pas éliminer le virus peuvent être à l’origine de nouvelles variantes virales.
L’hypothèse est qu’un certain degré de « pression immunitaire » (qui signifie une réponse immunitaire qui n’est pas assez forte pour éliminer le virus mais exerce un certain degré de pression sélective qui « force » le virus à évoluer) crée les conditions pour l’émergence de nouvelles variantes. .
Malgré un programme de traitement antirétroviral avancé pour les personnes vivant avec le VIH, de nombreuses personnes en Afrique du Sud ont une maladie à VIH avancée et ne suivent pas de traitement efficace. Plusieurs cas cliniques ont été étudiés qui soutiennent cette hypothèse, mais il reste beaucoup à apprendre.
Pourquoi cette variante est-elle inquiétante ?
La réponse courte est, nous ne savons pas. La réponse longue est que B.1.1.529 porte certaines mutations qui sont préoccupantes. Ils n’avaient jamais été observés dans cette combinaison auparavant, et la protéine de pointe à elle seule a plus de 30 mutations. Ceci est important, car la protéine de pointe est ce qui compose la plupart des vaccins.
On peut également dire que B.1.1.529 a un profil génétique très différent des autres variantes circulantes d’intérêt et de préoccupation. Il ne semble pas être une « fille de delta » ou un « petit-fils de bêta » mais représente plutôt une nouvelle lignée de SARS-CoV-2.
Certains de ses changements génétiques sont connus à partir d’autres variantes et nous savons qu’ils peuvent affecter la transmissibilité ou permettre l’évasion immunitaire, mais beaucoup sont nouveaux et n’ont pas encore été étudiés. Bien que nous puissions faire quelques prédictions, nous étudions toujours dans quelle mesure les mutations influenceront son comportement.
Nous voulons connaître la transmissibilité, la gravité de la maladie et la capacité du virus à « échapper » à la réponse immunitaire chez les personnes vaccinées ou guéries. Nous étudions cela de deux manières.
Premièrement, des études épidémiologiques minutieuses cherchent à savoir si la nouvelle lignée présente des changements dans la transmissibilité, la capacité d’infecter des individus vaccinés ou précédemment infectés, etc.
Dans le même temps, des études en laboratoire examinent les propriétés du virus. Ses caractéristiques de croissance virale sont comparées à celles d’autres variantes virales et il est déterminé dans quelle mesure le virus peut être neutralisé par les anticorps trouvés dans le sang des individus vaccinés ou guéris.
En fin de compte, la pleine signification des changements génétiques observés dans B.1.1.529 deviendra apparente lorsque les résultats de tous ces différents types d’études seront considérés. C’est une entreprise complexe, exigeante et coûteuse, qui durera des mois, mais indispensable pour mieux comprendre le virus et concevoir les meilleures stratégies pour le combattre.
Les premières indications indiquent-elles que cette variante provoque des symptômes différents ou une maladie plus grave ?
Il n’y a pas encore de preuves de différences cliniques. Ce que l’on sait, c’est que les cas d’infection à B.1.1.529 ont augmenté rapidement dans le Gauteng, où la quatrième vague pandémique du pays semble commencer. Cela suggère une transmissibilité facile, bien que sur fond d’interventions non pharmaceutiques très détendues et de faible nombre de cas. Nous ne pouvons donc pas encore vraiment dire si B.1.1.529 est transmis plus efficacement que la variante de préoccupation qui prévalait auparavant, le delta.
COVID-19[feminine est plus susceptible de se manifester par une maladie grave, souvent mortelle, chez les personnes âgées et les malades chroniques. Mais les groupes de population souvent les plus exposés en premier à un nouveau virus sont les personnes plus jeunes, mobiles et généralement en bonne santé. Si B.1.1.529 se propage davantage, il faudra un certain temps avant que ses effets, en termes de gravité de la maladie, puissent être évalués.
Heureusement, il semble que tous les tests de diagnostic qui ont été vérifiés jusqu’à présent soient capables d’identifier le nouveau virus.
Mieux encore, il semble que certains tests commerciaux largement utilisés présentent un schéma spécifique : deux des trois séquences du génome cible sont positives mais la troisième ne l’est pas. C’est comme si la nouvelle variante cochait systématiquement deux cases sur trois dans le test existant. Cela peut servir de marqueur pour B.1.1.529, ce qui signifie que nous pouvons estimer rapidement la proportion de cas positifs dus à l’infection à B.1.1.529 par jour et par zone. Ceci est très utile pour surveiller la propagation du virus presque en temps réel.
Les vaccins actuels sont-ils susceptibles de protéger contre la nouvelle variante ?
Encore une fois, nous ne savons pas. Les cas connus comprennent des individus qui avaient été vaccinés. Cependant, nous avons appris que la protection immunitaire fournie par la vaccination diminue avec le temps et ne protège pas autant contre l’infection mais plutôt contre les maladies graves et la mort. L’une des analyses épidémiologiques qui ont commencé porte sur le nombre de personnes vaccinées infectées par B.1.1.529.
La possibilité que B.1.1.529 puisse échapper à la réponse immunitaire est déconcertante. L’espoir est que les taux élevés de séroprévalence, les personnes qui ont déjà été infectées, trouvés par plusieurs études fournirait un certain degré d’« immunité naturelle » pendant au moins une période de temps.
En fin de compte, tout ce que l’on sait sur B.1.1.529 jusqu’à présent souligne que la vaccination universelle est toujours notre meilleur pari contre le COVID-19 sévère et, avec interventions non pharmaceutiques, contribuera grandement à aider le système de santé à faire face à la vague à venir.
Écrit par:
- Prof. Wolfgang Preiser, Chef : Division de virologie médicale, Université de Stellenbosch
- Cathrine Scheepers, scientifique médicale principale, Université du Witwatersrand
- Jinal Bhiman, scientifique médical principal à l’Institut national des maladies transmissibles (NICD), Institut national des maladies transmissibles
- Marietjie Venter, responsable du programme sur les zoonoses, les arbovirus et les virus respiratoires, professeur, département de virologie médicale, Université de Pretoria
- Tulio de Oliveira, Directeur : KRISP – Plateforme de séquençage de recherche et d’innovation du KwaZulu-Natal, Université du KwaZulu-Natal
Cet article a été publié pour la première fois dans La conversation.
