Une nouvelle étude publiée dans Communication Nature reconstitue les profils d’incidence régionaux de COVID-19[feminine, mettant en évidence les effets des interventions non pharmaceutiques (NPI) et différentes stratégies de test.
Le décompte quotidien des nouveaux cas de COVID-19 reste une base pour évaluer l’état de la pandémie et est essentiel pour prendre des décisions éclairées sur les interventions publiques. Ces nombres de cas, cependant, sont basés sur des résultats de tests de diagnostic positifs et dépendent donc fortement de la stratégie de test sous-jacente. Mais les stratégies de test diffèrent d’une région à l’autre et ont radicalement changé au fil du temps, ce qui rend leur influence précise sur le nombre de nouveaux diagnostics quotidiens difficile à prévoir. Des estimations plus robustes du nombre d’individus nouvellement infectés sont donc nécessaires pour la surveillance pandémique.
Afin de mieux estimer les nouveaux taux d’infection, les chercheurs ont développé et testé une nouvelle méthode de calcul qui déduit des profils temporels d’incidence virale uniquement à partir de séquences génomiques et de leurs dates d’échantillonnage. Parce que le génome viral est à la base d’un processus de mutation constant, les changements de sa séquence au fil du temps suivent également sa propagation dans la population.
« Les mutations qui surviennent dans les génomes viraux laissent un signal qui nous permet de relier la diversité génétique à la taille de la population virale et, dans ce cas, également à l’incidence », explique Denise Kühnert, chef de file du projet. marée groupe de recherche au MPI-SHH et co-auteur de l’étude.
Effet des interventions non pharmaceutiques
En calculant des estimations constantes par morceaux du nombre effectif de reproduction entre des changements significatifs dans les interventions non pharmaceutiques, l’étude met en évidence les effets potentiels des mesures publiques sur la propagation du COVID-19.
Les mesures de confinement prises par de nombreux pays européens en sont un exemple éloquent. Au printemps 2020, après la mise en œuvre de mesures de confinement strictes en Europe, le nombre effectif de reproduction a fortement chuté en dessous de 1. Lorsque ces mesures ont été levées au début de l’été 2020 dans la plupart des pays, le nombre effectif de reproduction est passé à plus de 1 .
Phases de sous-détection des cas
L’équipe a mené des analyses phylodynamiques de pointe à l’aide de SRAS-CoV-2 génomes de quatre régions différentes (Danemark, Écosse, Suisse et État australien de Victoria) pour valider la nouvelle méthode.
« En comparant nos résultats avec le nombre de cas rapportés, nous avons pu détecter des périodes de sous-déclaration », explique Ariane Weber, doctorante au sein du marée groupe de recherche et co-auteur de l’étude. “Il s’agit de la première vague d’infections en Écosse et à Victoria, ainsi que de petites vagues épidémiques en Europe à l’été 2020, qui ne sont pas visibles dans le décompte des cas de diagnostic”, ajoute Weber.
Détection des cas relatifs
En utilisant le corrélat d’incidence généré par la nouvelle méthode et les données publiques sur les stratégies de test déployées, les chercheurs ont également pu calculer les taux de détection des cas au fil du temps. Ceux-ci suggèrent qu’une augmentation de la capacité de test conduit généralement à des proportions plus élevées de cas détectés. Étonnamment, cependant, la probabilité de détection diminue lorsque les critères de test sont assouplis. Cela fournit une explication potentielle de la sous-détection observée des cas en Europe à l’été 2020, lorsque des critères de test plus souples ont été combinés à des capacités de test inchangées.
Référence : « L’estimation rapide de l’incidence des génomes du SRAS-CoV-2 révèle une diminution de la détection des cas en Europe au cours de l’été 2020 » 14 octobre 2021, Communication Nature.
DOI : 10.1038 / s41467-021-26267-y
