Les scientifiques du McMaster College ont développé un tout nouvel outil sophistiqué qui pourrait aider à prévenir rapidement les virus rares et inconnus dans l’environnement et à reconnaître les agents pathogènes microbiens potentiellement mortels qui déclenchent une septicémie, parmi d’autres utilisations.
L’algorithme le plus récent est un outil sophistiqué qui peut aider à créer des sondes pour détecter des traces associées à des agents pathogènes, à la fois reconnus et inconnus dans une grande variété de situations, telles que la transmission d’animal à humain associée à des infections telles que SRAS-CoV-2 ou garder une trace des réservoirs dans l’atmosphère pour d’éventuelles augmentations de pathogènes.
Jusqu’à présent, la plupart des laboratoires possèdent des exemples séquencés en vrac, un processus laborieux et coûteux qui oblige généralement les chercheurs à rechercher puis à réassembler des fragments de certains éléments. LA GÉNÉTIQUE , qui sont difficiles à détecter et souvent polluées par les milliards d’organismes supplémentaires dans le même échantillon ou la même atmosphère.
Les agents pathogènes dans les échantillons de sang ou de salive en milieu clinique ou animal, par exemple, sont particulièrement difficiles à isoler, simplement parce qu’ils peuvent facilement représenter moins d’un millionième de l’échantillon, en particulier dans les phases initiales d’une infection, lorsque les concentrations sont encore réduites et la détection sera plus critique pour les individus.
Les chercheurs ont testé efficacement les sondes sur toute la catégorie des coronavirus, y compris le SARS-CoV-2. Les sondes donnent un raccourci en se concentrant sur, en isolant et en déterminant les séquences d’ADN – spécifiquement plus simultanément – qui sont partagées entre les organismes associés, le plus souvent en raison de l’histoire de l’évolution ou même de l’ascendance.
“Il existe des milliers d’agents pathogènes microbiens et avoir la capacité de déterminer lequel existe dans le test d’un patient pourrait conduire à la thérapie correcte plus rapidement lorsque les règles sont très importantes”, souligne Zachery Dickson, auteur potentiel de la recherche et élève diplômé dans le Département associé à la biologie.
« La sonde rend la reconnaissance beaucoup plus rapide, ce qui signifie que nous pouvons potentiellement sauver des personnes qui pourraient autrement expirer », dit-il.
Les chercheurs ont également prouvé l’efficacité des sondes destinées à capturer le très large éventail d’agents pathogènes associés à la septicémie, la maladie potentiellement mortelle et qui se développe rapidement qui se développe lorsque le corps réagit de manière excessive à une infection qui commence généralement dans les poumons, le système urinaire, la peau, ou le tractus gastrique.
“Nous avons actuellement besoin de moyens plus rapides, moins chers, plus courts et plus rapides pour détecter les agents pathogènes dans les échantillons humains et environnementaux qui démocratiseront la recherche et ce pipeline le fera exactement”, déclare le généticien évolutionniste Hendrik Poinar, auteur principal de l’étude et réalisateur du film. du Centre ADN historique de McMaster.
La découverte est en outre prometteuse pour des programmes beaucoup plus larges pour l’homme dans la découverte scientifique, tels que l’identification de parasites du tube digestif dans l’ADN historique, qui pourraient révéler de nouvelles informations sur l’évolution particulière d’une maladie dévastatrice.
La procédure utilisée pour concevoir les sondes particulières, un pipeline appelé HUBdesign ou même Hierarchical Unique Baits, est décrite dans la revue Rapports cellulaires : méthodes , publié en ligne ces jours-ci.
Référence : « Probe design for simultané, ciblée capture associée à diverses cibles métagénomiques » 15 septembre 2021, Rapports cellulaires : méthodes .
DOI : dix. 1016/j. crmeth. 2021. 100069
