Outre le fait de sauver des vies humaines dans l’immédiat, l’autre raison fondamentale pour laquelle les responsables de la santé publique ont poussé à la vaccination de masse pour ralentir la propagation du COVID-19 est que plus un virus réside dans un grand nombre d’hôtes, plus il est probable qu’il finisse par muter en quelque chose de plus virulent. De toute évidence, cela s’est produit au moins deux fois jusqu’à présent avec le SRAS-CoV-2 : d’abord avec la variante delta ultra-contagieuse, puis plus tard avec la variante omicron encore plus contagieuse.
Actuellement, le nombre d’hôtes humains aux États-Unis diminue à mesure que la vague omicron descend de son pic. Si nous avons de la chance, cela pourrait signifier que cette vague d’infections est terminée, et que le coronavirus continuera à circuler (et à muter) en devenant endémique, mais qu’il aura moins d’hôtes pour le faire.
Ou, au moins humain hôtes. Comme nous le savons, le SRAS-CoV-2 semble avoir circulé chez les chauves-souris et les pangolins avant de passer à l’homme. Nous savons également que le virus s’est propagé à nouveau chez les animaux, probablement par l’intermédiaire des humains : des chiens, des chats, un lion de zoo et une grande population de cerfs semblent avoir été infectés par des humains.
Il est inquiétant de constater que la tendance à l’infection pourrait maintenant s’inverser. Une étude canadienne récente soulève la possibilité que les cerfs – l’un des grands mammifères les plus omniprésents en Amérique du Nord – aient pu infecter des humains avec le COVID-19, la maladie causée par le SRAS-CoV-2. Cela signifierait que le virus a circulé pendant un certain temps chez les cerfs, se reproduisant et mutant occasionnellement sur son passage, avant de revenir chez l’homme.
La nouvelle étude fournit des preuves que les cerfs ont pu infecter les humains, bien que cela ne soit pas définitivement prouvé. Menée par plus de deux douzaines de scientifiques de l’Ontario et publiée sur la base de données bioRxiv (elle n’a pas encore été examinée par des pairs), l’étude a porté sur 300 échantillons de cerfs de Virginie au Canada au cours des derniers mois de 2021. Dix-sept de ces cerfs ont été testés positifs au SRAS-CoV-2, tous provenant du sud-ouest de l’Ontario. Les scientifiques ont découvert que cette même souche de SRAS-CoV-2, qui est très divergente des autres souches connues, était également très similaire à un virus SRAS-CoV-2 qui avait infecté un humain. (Elle était également étroitement liée à une souche trouvée chez des humains dans le Michigan à la fin de 2020). Si les scientifiques ne peuvent pas confirmer que le virus avait été transmis à l’homme par un cerf, ils savent que l’homme vivait dans la même zone géographique que les cerfs et qu’il avait été en contact étroit avec des cerfs au moment où les échantillons infectés ont été prélevés.
Cela dit, la taille de l’échantillon est très petite et personne n’a… définitivement prouvé que le cerf a transmis le virus à l’homme. Rien ne prouve non plus que la personne atteinte du virus mutant du SRAS-CoV-2 l’ait transmis à quelqu’un d’autre, et les premières expériences suggèrent que le nouveau virus ne serait pas capable d’échapper aux anticorps. En d’autres termes, s’il se propageait parmi la population, les personnes vaccinées seraient probablement en sécurité.
Enfin, le virus du SRAS-CoV-2 provenant du cerf étant inconnu, il n’y a pas encore de raison de penser qu’il présente un quelconque risque accru pour l’homme. La plus grande préoccupation est que, comme les virus peuvent évoluer chez les animaux, il est possible qu’il se transforme en quelque chose de plus dangereux.
“Le virus évolue chez le cerf et diverge de ce que nous voyons clairement évoluer chez l’homme”, a déclaré au New York Times Samira Mubareka, virologue au Sunnybrook Research Institute et à l’université de Toronto et auteur du nouvel article. Après avoir entièrement séquencé les génomes de cinq des cerfs infectés, les scientifiques ont découvert de nombreuses mutations qui n’avaient pas été documentées auparavant. Ils ont également trouvé 76 mutations qui distinguent la nouvelle version du SRAS-CoV-2 de la version originale du virus. Certaines de ces mutations avaient déjà été découvertes chez d’autres animaux infectés, comme le vison.
Peu avant la publication de cette étude, un autre groupe de scientifiques a annoncé que les cerfs de Pennsylvanie pourraient avoir continué à être infectés par la variante Alpha même après sa disparition chez l’homme – et qu’elle a évolué en eux alors qu’ils continuaient à la propager. Cela renforce encore l’inquiétude concernant l’incubation des virus SRAS-CoV-2 par les cerfs.
On pense que le virus du SRAS-CoV-2 est apparu chez une chauve-souris fer à cheval. On pense qu’à un moment donné, le virus a été transmis à un autre animal par le biais d’un ou de plusieurs “événements de débordement”, puis a fini par atteindre un hôte humain. Les chauves-souris sont connues pour servir d’hôtes à de dangereux coronavirus, car leur système immunitaire est exceptionnellement agressif. Cela signifie que les virus qui vivent dans les chauves-souris doivent évoluer et se répliquer plus rapidement pour survivre.
“LeL’essentiel est que les chauves-souris sont potentiellement spéciales lorsqu’il s’agit d’héberger des virus”, a déclaré Mike Boots, écologiste spécialiste des maladies et professeur de biologie intégrative à l’UC Berkeley, à Science Daily en 2020. “Ce n’est pas un hasard si un grand nombre de ces virus proviennent des chauves-souris. Les chauves-souris ne sont même pas si proches de nous, nous ne nous attendrions donc pas à ce qu’elles hébergent de nombreux virus humains. Mais ce travail démontre comment les systèmes immunitaires des chauves-souris pourraient être à l’origine de la virulence qui permet de surmonter cela.”
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