Reconstitution du génome de la bactérie E.Coli à partir d’un calcul biliaire provenant d’une momie vieille de 600 ans

E.coli est un type de bactérie qui constitue un problème de santé majeur et qui a entraîné de nombreux décès. Bien que cette bactérie soit présente dans les intestins d’humains et d’animaux en bonne santé, l’histoire de son évolution est restée inconnue. Aujourd’hui, des chercheurs de l’université McMaster ont réussi à reconstituer le premier génome ancien d’E. coli en utilisant la pierre biliaire d’une momie italienne du XVIe siècle. L’E.coli n’entraîne pas de pandémies et est plutôt considéré comme une bactérie commensale. Ces types de bactéries se terrent dans notre corps et attendent d’attaquer l’hôte lorsqu’il devient vulnérable. Elles attaquent généralement dans des conditions telles que le stress, l’immunodéficience ou la maladie.

Une pandémie comme la peste noire, qui a fait environ 200 millions de morts dans le monde, est bien documentée. Mais il n’existe aucune donnée historique sur les vies perdues à cause d’E.coli, même si cette bactérie a également eu un impact significatif sur la santé humaine.

“Si l’on se concentre uniquement sur les agents pathogènes responsables de pandémies pour expliquer la mortalité massive dans le passé, on ne tient pas compte de l’important fardeau que représentent les agents commensaux opportunistes, motivés par le stress de la vie “, a déclaré le généticien évolutionniste Hendrik Poinar, directeur de l’Ancient DNA Centre de McMaster et chercheur principal au Michael G. DeGroote Institute for Infectious Disease Research de l’université.

Dans l’étude, publiée dans Communication Biology, les chercheurs ont cherché à créer l’ancêtre de 400 ans d’E.coli qui leur donnerait un aperçu de son évolution à ce jour. Ils ont utilisé des fragments de corps momifiés d’un groupe de nobles italiens qui ont été déterrés de l’Abbaye de Saint Domenico Maggiore à Naples en 1983.

L’équipe a analysé la momie d’un des nobles qui serait mort en 1586 à l’âge de 48 ans. Les chercheurs ont également noté que l’individu avait des calculs biliaires et souffrait d’une inflammation chronique de la vésicule biliaire à cause de cela.

“Lorsque nous avons examiné ces restes, il n’y avait aucune preuve pour dire que cet homme avait E. coli. Contrairement à une infection comme la variole, il n’y a pas d’indicateurs physiologiques. Personne ne savait ce que c’était”, a déclaré George Long, étudiant diplômé en bioinformatique à McMaster. Long est également l’auteur principal de l’étude et a mené l’analyse de la momie.

Les chercheurs ont isolé les fragments de la bactérie du corps et ont utilisé ce matériel pour développer le génome. Grâce à cela, ils ont pu comprendre les fonctions du génome et espèrent maintenant aider d’autres chercheurs qui sont à la recherche de tels pathogènes cachés.

La plupart des formes d’E.coli ne représentent pas un danger pour leur hôte lorsqu’elles vivent dans les intestins. Cependant, certaines souches sont à l’origine d’intoxications alimentaires et d’infections sanguines parfois mortelles. En outre, E.coli est adaptable, ce qui le rend résistant aux traitements.

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