Propagation de la variante COVID Delta entraînée par la combinaison d’une évasion immunitaire et d’une infectiosité accrue

COVID Variants Concept

Concept de variantes COVID

Les résultats suggèrent que les mesures de contrôle des infections contre les variantes devront se poursuivre dans l’ère post-vaccination.

La variante Delta de SRAS-CoV-2, qui est devenue la variante dominante dans des pays comme l’Inde et le Royaume-Uni, s’est très probablement propagée grâce à sa capacité à échapper aux anticorps neutralisants et à son infectivité accrue, selon une équipe internationale de chercheurs.

“En combinant des expériences en laboratoire et l’épidémiologie des infections vaccinales révolutionnaires, nous avons montré que la variante Delta est meilleure pour se répliquer et se propager que d’autres variantes couramment observées.” – Ravi Gupta

Les résultats ont été rapportés le 6 septembre 2021, dans La nature.

Au fur et à mesure que le SRAS-CoV-2 se réplique, des erreurs dans sa constitution génétique le font muter. Certaines mutations rendent le virus plus transmissible ou plus infectieux, certaines l’aident à échapper à la réponse immunitaire, rendant potentiellement les vaccins moins efficaces, tandis que d’autres ont peu d’effet. L’une de ces variantes, appelée variante B.1.617.2 Delta, a été observée pour la première fois en Inde fin 2020. Elle s’est depuis propagée dans le monde entier – au Royaume-Uni, elle est responsable de presque tous les nouveaux cas d’infection à coronavirus.

Le professeur Ravi Gupta du Cambridge Institute of Therapeutic Immunology and Infectious Disease de l’Université de Cambridge, l’un des auteurs principaux de l’étude, a déclaré : est meilleur pour se répliquer et se propager que d’autres variantes couramment observées. Il existe également des preuves que les anticorps neutralisants produits à la suite d’une infection ou d’une vaccination antérieure sont moins efficaces pour arrêter cette variante.

“Ces facteurs ont probablement contribué à la vague épidémique dévastatrice en Inde au cours du premier trimestre de 2021, où jusqu’à la moitié des cas étaient des personnes qui avaient déjà été infectées par une variante antérieure.”

Pour examiner dans quelle mesure la variante Delta était capable d’échapper à la réponse immunitaire, l’équipe a extrait le sérum d’échantillons de sang collectés dans le cadre de la COVID-19[feminine cohorte du NIHR BioResource. Les échantillons provenaient de personnes qui avaient déjà été infectées par le coronavirus ou qui avaient été vaccinées avec les vaccins Oxford/AstraZeneca ou Pfizer. Le sérum contient des anticorps élevés en réponse à une infection ou à une vaccination. L’équipe a découvert que le virus variant Delta était 5,7 fois moins sensible aux sérums d’individus précédemment infectés, et jusqu’à huit fois moins sensible aux sérums vaccinaux, par rapport au variant Alpha – en d’autres termes, cela prend huit fois autant d’anticorps d’un individu vacciné pour bloquer le virus.

Conformément à cela, une analyse de plus de 100 travailleurs de la santé infectés dans trois hôpitaux de Delhi, dont presque tous avaient été vaccinés contre le SRAS-CoV-2, a révélé que la variante Delta était plus transmise entre le personnel vacciné que la variante alpha.

Le SRAS-CoV-2 est un coronavirus, ainsi nommé parce que les protéines de pointe à sa surface lui donnent l’apparence d’une couronne (« couronne »). Les protéines de pointe se lient à l’ACE2, un récepteur protéique présent à la surface des cellules de notre corps. La protéine de pointe et l’ACE2 sont ensuite clivées, permettant au matériel génétique du virus d’entrer dans la cellule hôte. Le virus manipule la machinerie de la cellule hôte pour permettre au virus de se répliquer et de se propager.

À l’aide d’organoïdes 3D des voies respiratoires – des «mini-organes» cultivés à partir de cellules des voies respiratoires, qui imitent son comportement – ​​l’équipe a étudié ce qui se passe lorsque le virus atteint les voies respiratoires. Travaillant dans des conditions sécurisées, l’équipe a utilisé à la fois un virus vivant et un «virus pseudotypé» – une forme synthétique du virus qui imitait des mutations clés sur la variante Delta – et l’a utilisé pour infecter les organoïdes. Ils ont découvert que la variante Delta était plus efficace pour pénétrer dans les cellules par rapport aux autres variantes, car elle portait un plus grand nombre de pointes clivées à sa surface. Une fois à l’intérieur des cellules, le variant était également mieux à même de se répliquer. Ces deux facteurs confèrent au virus un avantage de sélection par rapport à d’autres variantes, aidant à expliquer pourquoi il est devenu si dominant.

Le Dr Partha Rakshit du National Center for Disease Control, Delhi, Inde, auteur principal conjoint, a déclaré: «La variante Delta s’est largement répandue pour devenir les variantes dominantes dans le monde, car elle se propage plus rapidement et infecte mieux les individus que la plupart des autres variantes que nous ‘J’ai vu. Il est également préférable de contourner l’immunité existante – soit par une exposition antérieure au virus, soit par la vaccination – bien que le risque de maladie modérée à sévère soit réduit dans de tels cas. »

Le professeur Anurag Agrawal du CSIR Institute of Genomics and Integrative Biology, Delhi, Inde, coauteur principal, a ajouté : « L’infection des travailleurs de la santé vaccinés par la variante Delta est un problème important. Bien qu’ils puissent eux-mêmes n’éprouver qu’un COVID léger, ils risquent d’infecter des personnes qui ont des réponses immunitaires sous-optimales à la vaccination en raison de problèmes de santé sous-jacents – et ces patients pourraient alors être à risque de maladie grave. Nous devons de toute urgence envisager des moyens de renforcer les réponses vaccinales contre les variantes chez les travailleurs de la santé. Cela suggère également que les mesures de contrôle des infections devront se poursuivre dans l’ère post-vaccin. »

Référence : « SARS-CoV-2 B.1.617.2 Delta variant replication and evasion immunitaire » par Petra Mlcochova, Steven Kemp, Mahesh Shanker Dhar, Guido Papa, Bo Meng, Isabella ATM Ferreira, Rawlings Datir, Dami A. Collier, Anna Albecka, Sujeet Singh, Rajesh Pandey, Jonathan Brown, Jie Zhou, Niluka Goonawardane, Swapnil Mishra, Charles Whittaker, Thomas Mellan, Robin Marwal, Meena Datta, Shantanu Sengupta, Kalaiarasan Ponnusamy, Venkatraman Srinivasan Radhakrishnan, Adam Abdulti De, Daniela Caputo, Tom Peacock, Dr Chand Wattal, Neeraj Goel, Ambrish Satwik, Raju Vaishya, Meenakshi Agarwal, The Indian SARS-CoV-2 Genomics Consortium (INSACOG), The Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan) Consortium , The CITIID- Collaboration NIHR BioResource COVID-19, Antranik Mavousian, Joo Hyeon Lee, Jessica Bassi, Chiara Silacci-Fegni, Christian Saliba, Dora Pinto, Takashi Irie, Isao Yoshida, William L. Hamilton, Kei Sato, Samir Bhatt, Flaxman, Leo C. Jacques, Davide Corti, Luca Piccoli, Wendy S. Barclay, Partha Rakshit, Anurag Agrawal et Ravindra K. Gupta, 6 septembre 2021, La nature.
DOI : 10.1038 / s41586-021-03944-y

La recherche a été largement soutenue en Inde par le ministère de la Santé et du Bien-être familial, le Conseil de la recherche scientifique et industrielle et le Département de biotechnologie ; et au Royaume-Uni par Wellcome, le Medical Research Council et le National Institute of Health Research.

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