Le taux d’infection par le COVID-19 étonnamment bas en Afrique sub-saharienne pourrait être un mirage.

Le 11 novembre 2021, quatre voyageurs internationaux au Botswana ont été testés positifs au COVID-19, près de quatre jours après leur entrée dans le pays. Conformément au protocole, les échantillons de virus ont été séquencés génétiquement, et c’est alors que les scientifiques ont découvert une variante qu’ils n’avaient jamais vue auparavant – ce que nous connaissons maintenant sous le nom d’omicron.

À peu près à la même époque en novembre, dans la province sud-africaine de Gauteng – où se trouve Johannesburg – moins de 1 % de la population a été testée positive au COVID-19. Quelques semaines plus tard, les cas de COVID-19 sont montés en flèche. Les scientifiques ont ensuite séquencé quelques cas positifs et ont découvert que la souche omicron était devenue la souche dominante à Gauteng en moins de deux semaines, peu de temps après que la région ait été dévastée par la variante delta. L’omicron s’est maintenant rapidement répandue dans le monde entier, et est à l’origine d’une augmentation des surcharges, des fermetures et des hospitalisations. Selon les données analysées par le New York Times, les États-Unis, la France, l’Inde, l’Italie, le Brésil, l’Espagne, l’Argentine, l’Allemagne et le Royaume-Uni sont les pays qui connaissent actuellement le plus grand nombre de cas moyens quotidiens grâce à Omicron.

En Afrique du Sud, comme Salon l’a déjà signalé, le nombre de cas de COVID-19 a rapidement chuté près d’un mois après avoir connu un pic. Mais l’omicron, selon les cartes de données, n’a pas semblé se répandre dans d’autres parties de l’Afrique, comme en Afrique sub-saharienne. En décembre, l’Ouganda a confirmé son premier cas d’omicron – mais avec seulement 4,1 % du pays vacciné, selon les données, le pays enregistre en moyenne 302 cas par jour. La propagation semble également faible au Ghana, au Kenya et au Malawi, pays où les taux de vaccination sont très bas. Les pays d’Afrique subsaharienne ont-ils échappé à l’omicron ? Et si oui, comment ?

Voir aussi : En Afrique du Sud, les cas de COVID diminuent aussi vite qu’ils ont augmenté – ce qui suggère que la vague omicron pourrait être brève.

Depuis le début de la pandémie, le schéma d’infection sur le continent n’a pas suivi le même schéma qu’ailleurs dans le monde. En août 2020, moins d’un an après le début de la pandémie mondiale, les scientifiques s’efforçaient de comprendre pourquoi le nombre de cas et la mortalité étaient si faibles en Afrique subsaharienne. Une théorie tournait autour de la jeunesse relative de la population dans de nombreux pays, notant que l’âge est inversement corrélé au taux de mortalité du COVID-19. Une autre théorie avancée dans le magazine Science était que la population africaine en général avait déjà été exposée à des coronavirus apparentés, ce qui avait amorcé le système immunitaire de la population contre le SRAS-CoV-2.

Près d’un an et demi plus tard, cependant, les cas en Afrique subsaharienne restent faibles par rapport au reste du monde (bien que le Nigeria soit une légère exception parmi ces pays). Aujourd’hui, les scientifiques sont moins convaincus que la raison est liée à une immunité innée ou à une situation démographique, et peut-être davantage à l’absence de tests – ce qui signifie que le nombre de cas est en fait élevé, mais qu’ils ne sont pas testés.

En d’autres termes, l’apparence de faibles cas de COVID en Afrique sub-saharienne pourrait n’être qu’un mirage.

“Les tests sont beaucoup moins nombreux et, parce que [omicron] Monica Gandhi, médecin spécialiste des maladies infectieuses et professeur de médecine à l’Université de Californie à San Francisco. “Ce qui alerte généralement les gens dans les pays à faible revenu de quelque chose de vraiment mauvais qui se passe avec une poussée était les hospitalisations – par exemple en Inde, ce n’est pas seulement qu’ils ont fait tourner les tests au ralenti au début du mois de mars, ils ont essentiellement commencé à voir des gens arriver à l’hôpital, puis ils ont accéléré leurs tests.”

Gandhi a déclaré que les cas, en général, ne sont pas une bonne mesure pour comprendre ce qui se passe en Afrique sub-saharienne.

“En Afrique subsaharienne, si vous ne voyez pas vos hospitalisations augmenter, vous n’allez pas vous contenter de faire des tests dans un environnement à faible revenu”, a déclaré Gandhi, ajoutant que la raison pourrait être le financement. “Ce que je pense qui se passe en Afrique subsaharienne, c’est qu’ils passent par l’omicron, mais c’est plus léger, peut-être qu’ils ont suffisamment d’immunité de la population autour et qu’ils ne font pas autant de tests.”

En effet, comme le rapportait Nature en mars 2021, il est difficile d’appréhender la situation en Afrique sub-saharienne – en partie à cause du coût des tests. En général, les niveaux de dépistage ont été généralement plus faibles en Afrique subsaharienne.

“Le coût du test COVID-19 peut sembler minime pour les pays à revenu moyen et élevé, mais les pays plus pauvres ne peuvent pas se permettre de tester un grand nombre de personnes”, a déclaré à Nature Villyen Motaze de l’Université Stellenbosch au Cap, en Afrique du Sud.

Motaze et ses collègues ont publié une étude montrant que les facteurs climatiques, commela température et l’humidité, n’ont que très peu d’effets sur les pics épidémiques – défiant toute théorie selon laquelle le climat aurait quelque chose à voir avec l’apparition de quelques cas en Afrique sub-saharienne.

“Cette idée doit être abandonnée”, a déclaré Fidisoa Rasambainarivo, un autre des auteurs de l’article. “Les travaux de modélisation indiquent clairement que le climat ne constitue pas le facteur de protection que nous espérions.”

Les scientifiques ont appelé à l’équité des vaccins, et à l’accès aux soins.

“Suite aux nombreuses variations des facteurs de risque révélées dans notre article, la couverture vaccinale et la protection seront probablement hétérogènes dans et entre les pays”, a déclaré Rasambainarivo. “Les scientifiques doivent travailler avec les autorités pour minimiser ces différences, car elles auront des conséquences sur la pandémie au niveau mondial.”

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