Les scientifiques ont détecté une infection par au moins trois variantes du virus qui cause le COVID-19 chez le cerf de Virginie en liberté dans six localités du nord-est de l’Ohio.
Les scientifiques ne savent pas si le cerf sauvage pourrait être le réservoir du virus SARS-CoV-2.
Les scientifiques ont détecté une infection par au moins trois variantes du virus qui provoque COVID-19[feminine chez des cerfs de Virginie en liberté dans six localités du nord-est de l’Ohio, a rapporté l’équipe de recherche.
Des recherches antérieures menées par le Département américain de l’agriculture avait montré des signes d’anticorps chez le cerf sauvage. Cette étude, publiée aujourd’hui (23 décembre 2021) dans La nature, détaille le premier rapport d’infection active au COVID-19 chez le cerf de Virginie soutenu par la croissance d’isolats viraux en laboratoire, indiquant que les chercheurs avaient récupéré des échantillons viables du SRAS-CoV-2 virus et pas seulement ses traces génétiques.
Sur la base du séquençage génomique des échantillons collectés entre janvier et mars 2021, les chercheurs ont déterminé que les variantes infectant les cerfs sauvages correspondaient aux souches du virus SARS-CoV-2 qui prévalaient chez les patients COVID-19 de l’Ohio à l’époque. La collecte d’échantillons a eu lieu avant que la variante Delta ne soit répandue, et cette variante n’a pas été détectée chez ces cerfs. L’équipe teste davantage d’échantillons pour rechercher de nouvelles variantes ainsi que des variantes plus anciennes, dont la présence continue suggérerait que le virus peut s’installer et survivre dans cette espèce.
Le fait que les cerfs sauvages puissent être infectés “conduit à l’idée que nous pourrions en fait avoir établi un nouvel hôte de maintenance en dehors des humains”, a déclaré Andrew Bowman, professeur agrégé de médecine vétérinaire préventive à l’Ohio State University et auteur principal de l’article.
« Sur la base des preuves d’autres études, nous savions qu’ils étaient exposés dans la nature et qu’en laboratoire, nous pouvions les infecter et que le virus pouvait se transmettre de cerf en cerf. Ici, nous disons que dans la nature, ils sont infectés », a déclaré Bowman. « Et s’ils peuvent le maintenir, nous avons une nouvelle source potentielle de SARS-CoV-2 qui arrive chez l’homme. Cela signifierait qu’au-delà du suivi de ce qu’il y a dans les gens, nous devrons aussi savoir ce qu’il y a dans le cerf.
« Cela pourrait compliquer les futurs plans d’atténuation et de contrôle pour COVID-19. »
De nombreuses inconnues demeurent : comment les cerfs ont été infectés, s’ils peuvent infecter les humains et d’autres espèces, comment le virus se comporte dans le corps des animaux et s’il s’agit d’une infection transitoire ou à long terme.
L’équipe de recherche a prélevé des écouvillons nasaux sur 360 cerfs de Virginie dans neuf localités du nord-est de l’Ohio. À l’aide de méthodes de test PCR, les scientifiques ont détecté du matériel génétique provenant d’au moins trois souches différentes du virus chez 129 (35,8 %) des cerfs échantillonnés.
L’analyse a montré que les virus B.1.2 dominants dans l’Ohio au cours des premiers mois de 2021 se sont répandus à plusieurs reprises dans les populations de cerfs à différents endroits.
“La théorie de travail basée sur nos séquences est que les humains le donnent aux cerfs, et apparemment nous le leur avons donné plusieurs fois”, a déclaré Bowman. « Nous avons des preuves de six introductions virales différentes dans ces populations de cerfs. Ce n’est pas qu’une seule population l’a eu une fois et qu’elle s’est propagée. »
Chaque site a été échantillonné entre une et trois fois, soit un total de 18 dates de prélèvement d’échantillons. Sur la base des résultats, les chercheurs ont estimé que la prévalence de l’infection variait de 13,5 % à 70 % sur les neuf sites, la prévalence la plus élevée étant observée dans quatre sites entourés de quartiers plus densément peuplés.
Le cerf de Virginie fonctionnant comme un réservoir viral de SRAS-CoV-2 entraînerait probablement l’un des deux résultats, a déclaré Bowman. Le virus pourrait muter chez le cerf, facilitant potentiellement la transmission de nouvelles souches à d’autres espèces, y compris l’homme, ou le virus pourrait survivre chez le cerf non muté alors qu’il continue simultanément d’évoluer chez l’homme, et à un moment donné lorsque les humains n’ont pas d’immunité contre le souches infectant les cerfs, ces variantes pourraient se répercuter sur les humains.
La façon dont la transmission s’est produite initialement chez ces cerfs et comment elle pourrait se produire entre les espèces font partie des questions en suspens liées à ces découvertes. L’équipe de recherche a émis l’hypothèse que le cerf de Virginie avait été infecté par une voie environnementale, peut-être en buvant de l’eau contaminée. Des recherches ont montré que le virus est excrété dans les selles humaines et détectable dans les eaux usées.
Les cerfs de Virginie testés pour cette étude faisaient partie d’une initiative de contrôle de la population, ils ne constituent donc pas une menace de transmission.
Bien qu’il y ait environ 600 000 cerfs de Virginie dans l’Ohio et 30 millions aux États-Unis, Bowman a déclaré que cet échantillonnage se concentrait sur des emplacements proches de populations humaines denses et n’était pas représentatif de tous les cerfs en liberté.
Référence : 23 décembre 2021, La nature.
DOI : 10.1038/s41586-021-04353-x
Ce travail a été soutenu par le Ohio State Infectious Diseases Institute et le National Institute of Allergy and Infectious Diseases. En plus des contributeurs de l’USDA, du NIAID, de l’Ohio Wildlife Center et des Cleveland Metroparks, les co-auteurs de l’Ohio State incluent Vanessa Hale, Patricia Dennis, Dillon McBride, Jacqueline Nolting, Christopher Madden, Devra Huey, Margot Ehrlich, Jenessa Winston, Dubraska Diaz-Campos, Page Yaxley, Alexis McLaine, Risa Pesapane, Mark Flint, Jaylene Flint, Anastasia Vlasova, Scott Kenney, Qiuhong Wang, Linda Saif et Seth Faith.
