La variante Omicron a été confirmée sur tous les continents à l’exception de l’Antarctique.
Omicron, la première COVID-19[feminine variante d’avoir été mis à niveau vers une variante préoccupante (VOC) par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) dans un question de jours, est venu sur le radar de la Laboratoire de lancette dans Afrique du Sud, au 8 novembre, bien qu’il soit soupçonné d’avoir circulé plus tôt.
En raison de leur excellente surveillance génomique système, le Les autorités sanitaires sud-africaines signalé très rapidement les cas de cette variante. Contrairement à d’autres variantes, Omicron peut être détecté à l’aide d’un test PCR fiable sans nécessiter de séquençage du génome entier, ce qui a permis une surveillance rapide de sa propagation.
Avant le 23 novembre, 1 100 cas du variant (73 pour cent de tous les cas positifs) avaient été détectés dans la province du Gauteng en Afrique du Sud, contre 10 enregistrés début novembre. Au 3 décembre, Omicron avait officiellement dépassé la variante Delta en Afrique du Sud.
le reproduction efficace nombre (le nombre de personnes infectées par un seul individu infecté) pour Omicron est estimé à au-dessus de six, tandis que le nombre de reproduction effectif pour Delta a été estimé autour de cinq et le nombre de reproduction pour une maladie très contagieuse comme varicelle est neuf.
Où Omicron s’est-il propagé ?
La variante Omicron est confirmé sur tous les continents sauf l’Antarctique. Les cas signalés en dehors de l’Afrique du Sud semblent être principalement liés aux voyages à ce stade et concernent principalement des personnes vaccinées. Pourtant, propagation communautaire est déjà craint.
Les projections de nombreux pays prévoient que Les cas Omicron commenceront bientôt à dépasser les cas Delta. Le médecin-hygiéniste en chef de l’Ontario rapporté le 12 décembre que les cas d’Omicron représentent 10 pour cent de tous les cas positifs dans la province, une confirmation qu’Omicron est hautement transmissible même avec le niveau réduit actuel d’activités sociales (75 pour cent des niveaux pré-pandémiques).
En quoi Omicron est-il différent des autres variantes ?
Les variantes émergent par des changements ou des erreurs, appelés mutations, dans la séquence du génome du virus, qui est l’ensemble des instructions génétiques du virus.
La variante Omicron a beaucoup plus de mutations que les autres variantes dans son gène S – le gène qui code pour la protéine de pointe du virus, qui est la clé qui permet au virus d’accéder à nos cellules. Omicron a accumulé 50 mutations, dont 32 mutations dans le gène S. En revanche, le Variante alpha a neuf mutations dans son gène S, et Delta a entre neuf et 13 mutations.
Les deux sont plus transmissibles que la variante originale, 50 pour cent et 100 pour cent plus transmissibles, respectivement, et les deux ont contesté la protection induite par le vaccin dans une certaine mesure.
Omicron diffère des autres variantes par le nombre de mutations de sa protéine de pointe.
Il est trop tôt pour dire quoi penser de la variante Omicron. Parce que les protéines sont constituées de chaînes de acides aminés, des mutations dans le gène S conduiront à des acide substitutions qui provoquent des changements dans la protéine de pointe. Le nombre de substitutions d’acides aminés dans la protéine de pointe d’Omicron et leur chevauchement avec ceux observés dans les autres COV et variantes d’intérêt (VOI), donnent à la protéine de pointe de cette variante un aspect suralimenté.
La protéine de pointe Omicron porte six substitutions d’acides aminés uniques qui n’ont pas été observées dans les autres COV, sept substitutions qui sont observées dans un ou plusieurs COV, trois substitutions qui se produisent dans tous les COV actuels, et les substitutions restantes sont observées à une fréquence beaucoup plus faible dans les autres variantes. Les trois substitutions d’acides aminés communes à tous les COV sont associées à une évasion immunitaire et à une transmissibilité et une infection accrues des COV.
Omicron est-il une « supervariante ?
En tant que scientifique, j’ai du mal à comprendre cette variante. Comment la protéine de pointe Omicron a-t-elle accumulé 32 substitutions d’acides aminés en ce qui semble être un temps très court, et s’est-elle adaptée à autant de substitutions dans une seule protéine ? Cette protéine est-elle devenue la clé parfaite pour accéder à nos cellules, et en même temps se camoufler des anticorps ? Omicron provoque-t-il des maladies plus graves ?
Impression 3D d’une protéine de pointe à la surface du SARS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19. Crédit : NIH
Quand et comment Omicron a évolué ne sera pas facile de répondre, mais certainement, les mutations acquises par cette variante ont les scientifiques se grattent la tête.
Le grand nombre de substitutions d’acides aminés dans la protéine de pointe est remarquable. Les protéines sont assez flexibles dans leur capacité à s’adapter à ces substitutions, leur permettant de devenir plus efficaces. Mais cela a souvent un coût élevé pour le microbe (dans ce cas le virus) car les substitutions nécessitent de l’énergie et des ressources.
Premièrement, pour chaque mutation utile, une mutation compensatrice doit également se produire dans le gène pour garantir que la structure de la protéine reste intacte.
Deuxièmement, l’existence d’un si grand nombre de mutations dans le gène S nécessiterait des modifications de la machinerie de réplication du virus pour permettre à autant d’erreurs de se produire. Cependant, la modification de cette machinerie pourrait entraîner des problèmes pour la réplication du virus.
Enfin, le virus s’appuie sur les ressources de l’hôte pour construire ses protéines, telles que les protéines spéciales de l’hôte ARN molécules (ARN de transfert) et des acides aminés. Ces ressources, et potentiellement d’autres, peuvent ne pas répondre aux exigences du virus et conduire à son dysfonctionnement. Autrement dit, le virus muté peut se heurter à un problème d’offre et de demande.
En bref, un tel gène S «super-muté» est très susceptible de nuire à la forme physique globale du virus ; autre chose doit être moins efficace pour permettre la production d’un gène S super-muté. Cette perte de forme physique est normale dans le monde microbien. Par example, résistance aux antimicrobiens chez les bactéries est entraînée par l’utilisation d’antibiotiques. Cependant, en leur absence, les bactéries perdent souvent ce trait car il est énergétiquement coûteux.
Cela suggère que la variante Omicron peut être plus transmissible (comme le courant monde réel les données montrent) que Delta, mais cela peut causer une maladie moins grave. le données provenant d’Afrique du Sud et les cas identifiés dans le monde suggèrent que les cas d’Omicron n’ont pas été associés à une maladie grave et à la mort.
Les vaccins ou une infection antérieure protégeront-ils contre Omicron ?
le vaccins actuels ont été conçus pour protéger contre la maladie COVID-19, c’est-à-dire pour protéger contre l’hospitalisation et la mort. Cependant, ils ont mieux performé, réduire les infections jusqu’à 80 % (pour les vaccins à ARNm) et transmission freinée.
On ne sait pas si la variante Omicron peut échapper au système immunitaire, induite par une infection naturelle ou un vaccin.
On ne sait pas si la variante Omicron peut échapper à l’immunité, induite par une infection naturelle ou un vaccin. Pourtant, une étude qui n’a pas encore été évaluée par des pairs montre que les réinfections avec Omicron sont beaucoup plus élevées que celles enregistrées lors des poussées Beta et Delta en Afrique du Sud.
Ce rapport suggère que l’immunité acquise en raison d’infections antérieures avec la variante Beta ou Delta peut ne pas empêcher l’infection par Omicron. Cette découverte pourrait expliquer l’augmentation rapide des cas d’Omicron en Afrique du Sud, où une grande partie de la population a été infectée lors des poussées Alpha, Beta et Delta.
Aucune conclusion n’a pu être tirée dans cette étude sur la protection de l’immunité induite par le vaccin contre Omicron en raison de données insuffisantes ; la taux de vaccination en Afrique du Sud n’est que d’environ 25 pour cent. Cas révolutionnaires liés à Omicron se produisant dans le monde suggèrent qu’Omicron peut défier les vaccins en termes d’infection.
Notez qu’une infection peut être asymptomatique ou bénigne. Les vaccins sont très susceptibles de protéger contre la maladie COVID-19 grave, car rapports récents (pas encore évalués par les pairs) d’Afrique du Sud indiquer.
À la lumière de nombreux rapports indiquant que les anticorps neutralisants induits par le vaccin (ou une infection naturelle) diminuent avec le temps, de nombreux pays, y compris le Canada, s’empressent d’administrer des rappels et d’augmenter la couverture vaccinale pour protéger leur population contre une éventuelle résurgence. Tirs de rappel ont montré qu’ils protégeaient contre l’infection et la gravité de la maladie dans des études cliniques et données du monde réel. Un récent rapport de Pfizer a indiqué que le coup de rappel peut changer la trajectoire de transmission de l’Omicron.
Qu’est-ce qui est probable pour Omicron dans un avenir proche ?
De nombreux laboratoires dans le monde évaluent la position d’Omicron en ce qui concerne sa transmissibilité, sa virulence, la gravité de la maladie qu’il peut provoquer et sa capacité à échapper à la protection induite par la vaccination. Donc, pour l’instant, c’est un jeu d’attente.
Ici, au Canada, nous devrions continuer d’augmenter la couverture vaccinale à 90 % et plus pour la population admissible. Les vaccins fonctionnent!
L’approbation des vaccins pour les enfants âgés de cinq à 11 ans augmentera sans aucun doute la couverture vaccinale et modifiera la trajectoire de transmission d’Omicron.
Dans le même temps, nous devons poursuivre les mesures de santé publique : masques faciaux (données du monde réel montrent qu’ils empêchent la propagation du virus de 53 %), la distance physique (COVID-19 est un maladie aéroportée), l’hygiène des mains et l’évitement des grands rassemblements, surtout à l’intérieur.
Enfin, et tout aussi important, l’émergence de la variante Omicron nous rappelle, une fois de plus, à quel point il est essentiel d’aider les pays en développement dans leurs campagnes de vaccination. Le virus continuera de remettre en cause les progrès réalisés par les pays développés grâce à la vaccination aussi longtemps que le virus trouvera un terrain fertile pour évoluer partout dans le monde.
Écrit par Dasantila Golemi-Kotra, professeur de biologie, York University, Canada.
Cet article a été publié pour la première fois dans La conversation.
