Depuis l’équipe de chercheurs d’Afrique australe nous avons reconnu une nouvelle lignée associée à SRAS-CoV-2 , le virus conduisant à COVID-19[feminine . Un arbre généalogique représente une population virale génétiquement distincte avec un ancêtre commun . Ce virus pourrait être désigné comme une version à l’avenir, en fonction de qualités considérablement modifiées, mais nous devons d’abord mieux le réaliser. Les conclusions jusqu’à présent sont généralement présentées dans un rapport non pré-révisé par les pairs papier .
Le nouvel arbre généalogique, nommé D. 1 . 2, continue d’être trouvée dans toutes les provinces du pays. Bien qu’il stocke certaines mutations vers des variantes, il est différent à certains égards.
Les virus mutent à tout moment. Parfois, les variations entraînent un avantage supplémentaire pour le virus, par exemple une transmissibilité accrue. Pourtant, souvent, les mutations ne font rien de bon pour le virus. Donc, beaucoup plus de mutations ne signifient généralement pas de problèmes pour nous tous, son hôte.
Pour C. 1 ) 2, beaucoup de choses restent inconnues. Par exemple, il est trop tôt pour dire si ces mutations peuvent affecter la transmissibilité ou même l’efficacité du vaccin.
Les Réseau de surveillance génomique en Afrique du Sud continue d’être superviser les changements dans le SRAS-CoV-2 depuis mars 2020. L’Afrique du Sud a été l’un des premiers pays au monde à présenter une surveillance génomique systématique et appariée, en séquençant les génomes du SRAS-CoV-2 à partir d’exemples de patients représentatifs de différentes régions géographiques et au fil du temps.
Ses résultats ont fourni des informations sur la façon dont le SARS-CoV-2 a été présenté dans le pays , plus dans sa distribution précoce . Le système a également séquencé des génomes de logiciels malveillants pour identifier les lignées virales en développement récemment particulièrement préoccupantes.
Plus tard en 2020, le système a détecté ce qu’on appelle à ce stade le Variante bêta d’intérêt et beaucoup plus récemment observé, presque en temps réel, l’arrivée particulière et la « prise de contrôle » rapide de la variante Delta en Afrique du Sud.
Ce qui est identifié et ce qui ne vous est pas familier
Nous choisissons des échantillons de patients dans des laboratoires de diagnostic dans tout le pays et effectuons le séquençage pour analyser les génomes de l’herpès. On compare ensuite ces séquences à celles vues juste avant et ailleurs. C’est très semblable au jeu de repérer la différence entre des photos presque identiques.
Nous jouons activement à repérer la différence avec le SARS-CoV-2. Lorsque nous découvrons de nombreuses différences – ou des différences dans des endroits particulièrement importants comme le pic du virus – nous accordons tous une attention particulière. Nous cherchons tous ensuite à observer à quelle fréquence nous remarquons ce virus particulier et où – dans une seule région du pays ou dans plusieurs régions, uniquement en Afrique du Sud ou en outre dans d’autres parties du monde. Nous suivons également s’il augmente au fil du temps, ce qui prétendrait qu’il remplace les versions antérieures du cheval de Troie.
Lorsque nous sérions le virus et l’évaluons par rapport à d’autres virus du SRAS-CoV-2, un titre lui sera attribué en fonction du virus complémentaire le plus proche. Nous examinons ensuite le virus ainsi que celui auquel il correspond pour voir à quel point ils sont comparables les uns aux autres. Chaque fois que nous voyons beaucoup de variations, cela pourrait être une indication de la nouvelle lignée.
En mai 2021 nous avons tout d’abord détecté un nombre muté d’infections liées au SRAS-CoV-2 en Afrique du Sud qui peuvent être attribuées à l’arbre généalogique, C. 1 . seconde . Jusqu’à présent, de mai à août 2021, C. 1 . deux ont été détectés dans toutes les provinces. Pourtant, cela se produit à une fréquence assez faible même si nous voyons de petites augmentations dans cet arbre généalogique au fil du temps, elles restent très faibles.
Cette lignée particulière possède des variations au sein du génome qui ont été observées dans d’autres variantes du SRAS-CoV-2.
Le réseau particulier a alerté l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et le Département national sud-africain associé à la Santé de cet arbre généalogique en juillet. Les deux mois entre notre première découverte et la notification proviennent du long processus particulier de séquençage et d’analyse. De plus, des virus mutés apparaissent de temps en temps – la plupart disparaissent à nouveau. Nous devions donc garder une trace de celui-ci pour savoir s’il serait détecté dans d’autres régions. Ce n’est que si nous commencions à le trouver dans d’autres provinces et lorsqu’il a été documenté également dans d’autres pays que nous pensons qu’il y avait suffisamment de preuves pour suggérer un nouvel arbre généalogique.
Le réseau de sécurité est en cours pour surveiller le taux de récurrence de la lignée à travers le pays et aider divers autres pays africains de la même manière. De plus, des tests médicaux pour évaluer l’impact utile des variations qu’il abrite sont généralement en cours – par exemple, à quel point les anticorps que les individus qui ont été vaccinés ou même infectés neutralisent-ils auparavant le nouveau virus, exactement à quel point il se développe dans les civilisations cellulaires par rapport à d’autres variantes de chevaux de Troie, et ainsi de suite.
Le virus n’a cependant pas rempli les critères de l’OMS ELSE pour être classé comme un variante d’intérêt ou même variante de préoccupation . Une variante attrayante a des ajustements génétiques affectant des caractéristiques importantes de la maladie (transmissibilité, gravité de la maladie, immunité, analyse ou évasion thérapeutique) et des influences épidémiologiques suggérant un danger pour la santé de la communauté mondiale. Une version préoccupante est la catégorie la plus grave – il s’agit d’une variante avec une transmissibilité et/ou une virulence accrue prouvée et une efficacité diminuée associée à des outils de santé publique ou même médicaux tels que des vaccins, des produits thérapeutiques et des tests.
Delta est un bon exemple de la variante préoccupante qui viendra rapidement contrôler l’épidémie à l’échelle internationale, provoquant un surf important dans de nombreux pays, notamment ceux dotés de programmes avancés de déploiement de la vaccination.
La lignée C. one 2 stocke quelques variations communes avec toutes les autres variations préoccupantes, y compris les variantes Beta, Lambda et Delta. Mais la toute nouvelle lignée a une quantité de mutations supplémentaires.
Les implications
Nous collectons toujours plus de données pour comprendre l’impact de la lignée sur la transmissibilité et sur les vaccins.
Le SRAS-CoV-2, comme la plupart des virus, mute avec le temps, généralement d’une manière qui offre au virus une sorte d’avantage. Certaines des mutations au sein du C. 1 . deux lignées se sont développées dans d’autres variantes d’intérêt ou de problème du SARS-CoV-2. Mais nous n’en avons pas pour autant une image complète. Il faudra une combinaison de surveillance approfondie continue (en particulier pour voir si cela déplace peut-être la variante delta particulière actuellement répandue) et d’études en laboratoire pour définir ses propriétés.
Sur la base de notre compréhension actuelle des variations de cet arbre généalogique particulier, nous pensons qu’il pourrait être en mesure d’éviter partiellement la réaction immunitaire. Malgré cela, cependant, l’opinion basée sur ce que nous devrions savoir maintenant est que les vaccins offriront néanmoins des degrés élevés de protection contre l’hospitalisation et la mort.
Nous nous attendons à ce que de toutes nouvelles variantes continuent afin d’émerger partout où l’herpès se propage. La vaccination reste essentielle pour protéger les personnes de nos organisations à haut risque associé à l’hospitalisation et à la mort, pour réduire la pression sur le système de santé, et aussi pour aider à ralentir la transmission. Cela doit être couplé avec toutes les autres mesures publiques d’assurance-maladie et sociales.
Nous recommandons donc au public de rester conscient et de continuer à adhérer au protocole COVID-19 simplement en incluant une bonne ventilation dans toutes les zones partagées et en portant des masques faciaux qui couvrent votre nez, votre bouche et votre menton. Ces interventions non pharmaceutiques sont encore prouvé finissent par empêcher la distribution du SARS-CoV-2 quelle que soit la variante.
Nous sommes également d’avis qu’il est peu probable que la lignée mutée affecte le niveau de sensibilité des tests de laboratoire PCR. Ces tests détectent généralement au moins 2 parties différentes du génome du SRAS-CoV-2, ce qui est une sauvegarde concernant une mutation se développant dans l’une d’entre elles. Des recherches sont en cours afin d’évaluer les ramifications pour les tests de diagnostic.
Pourquoi la prudence est de mise
Le réseau particulier de surveillance génomique en Afrique du Sud relie le Service national de laboratoire de bien-être ainsi que des laboratoires privés d’examen COVID-19 aux centres de séquençage éducatifs. Cette collaboration particulière a permis aux experts d’Afrique australe de générer et d’analyser rapidement des informations de séquence pour éclairer les réponses régionales et nationales.
Fin août 2021, la version delta représentait plus de 90 % des séquences en Afrique australe. Pourtant, l’évolution du virus est définitivement en cours, tant que l’herpès peut se propager à chaque personne, se multiplier et être administré. Il est donc essentiel de continuer à suivre l’évolution, d’identifier de manière précoce les nouveaux attributs problématiques et de lancer des contre-mesures, lorsque c’est possible .
Écrit par:
- Prof. Wolfgang Preiser – Mind: Division of Healthcare Virology, Stellenbosch University or college
- Cathrine Scheepers – Scientifique principale en soins de santé, Université du Witwatersrand
- Jinal Bhiman – Scientifique médical principal de l’Institut national pour obtenir les maladies transmissibles (NICD), Institut national conçu pour les maladies transmissibles
- Marietjie Venter – Responsable : Programme Zoonotic, Arbo and Respiratory Computer virus, Professeur, Section de virologie médicale, Université ou collège de Pretoria
- Penny Moore – Lectrice et chaire DST/NRF SARChI associée à Virus-Host Dynamics, National Institute for Contagious Diseases, CAPRISA Analysis Associate, University of the Witwatersrand
- Tulio de Oliveira – Directeur : KRISP – KwaZulu-Natal Research plus Innovation Sequencing System, University of KwaZulu-Natal
Déclaration de divulgation
Le professeur Wolfgang Preiser reçoit un financement du South African Healthcare Research Council ainsi que d’autres bailleurs de fonds scientifiques. Il ou elle siège au Comité consultatif ministériel d’Afrique australe pour les vaccins contre le COVID-19 (VMAC).
Jinal Bhiman obtient un financement de la Section nationale de la santé de l’Afrique australe inclus dans la réaction d’urgence au COVID-19 ; un contrat de coopération entre la National Company for Communicable Illnesses du National Wellness Laboratory Service ainsi que les centres des États-Unis concernant le contrôle et la prévention des maladies ; la Société Africaine de Médecine de Laboratoire (ASLM) et les Centres Africains destinés au Contrôle des Maladies et à la Prévention par le biais d’un sous-prix de la Base Bill et Melinda Gates ; le UK Foreign, Earth and Development Workplace et Wellcome ; le Conseil sud-africain de recherche sur les soins de santé et la Section sud-africaine de la science et de l’innovation ; la section britannique de la santé et des soins interpersonnels, gérée par le Fonds Fleming et exécutée sous les auspices de la tâche SEQAFRICA. Elle est affiliée à l’Institut national des maladies transmissibles et à l’Université du Witwatersrand; et fait partie du groupe consultatif technique de l’Organisation mondiale du bien-être sur l’évolution de type virus.
Marietjie Venter reçoit un financement de la National Study Foundation of S. africa ; Le plan de l’Union européenne (LEAP-Agri) ; Le BMBF (le ministère fédéral allemand de l’éducation et de la recherche); et la fondation de recherche Nationwide Health Laboratory Solutions conçue pour des recherches indépendantes. Elle est actuellement employée par l’Université de Pretoria. Elle a agi depuis conseiller temporaire pour cette OMS. Les vues exprimées ici sont celles de l’auteur et ne révèlent pas celles des bailleurs de fonds ou de l’employeur.
Penny Moore reçoit des fonds de la Nationwide Research Foundation, du South African Healthcare Research Council et des National Institutes of Health des États-Unis.
Tulio de Oliveira ne travaille pas, ne sollicite pas de conseils, ne détient pas d’actions ou ne reçoit de financement d’aucune entreprise ou même organisation qui tirerait parti de cet article, et n’a révélé aucune affiliation pertinente au-delà de son mandat éducatif. Il est soutenu par un financement du South African Healthcare Research Council ainsi que du ministère de la Technologie et de l’Innovation.
Cathrine Scheepers ne peut pas travailler pour, consulter, partager personnellement ou même recevoir un financement par l’intermédiaire d’une entreprise ou société qui bénéficierait de ce poste, et n’a tout simplement divulgué aucune affiliation pertinente au-delà de sa visite universitaire.
Cet article informatif a été publié pour la première fois dans La discussion . 